W marcu 2007 roku ks. Tomasz Węcławski zrezygnował z kapłaństwa. Związał się z kobietą. Teraz poszedł krok dalej. Wystąpił z Kościoła. Sprawę nagłośnił „Tygodnik Powszechny” z 27 stycznia 2008 roku (Artur Sporniak „Jezus bez Bóstwa”, plus komentarz ks. Adama Bonieckiego).

W reakcji na tę publikację Kuria Metropolitalna w Poznaniu wydała oświadczenie, w którym czytamy: „Tomasz Węcławski 21 grudnia 2007 roku publicznie, w obecności proboszcza parafii zamieszkania i dwóch świadków, dokonał aktu apostazji, czyli odstępstwa od Kościoła rzymskokatolickiego.

Taki akt jest wyrzeczeniem się wyznawanej przez wspólnotę Kościoła wiary i powoduje zaciągnięcie kary ekskomuniki mocą samego prawa (kanon 1364 Kodeku Prawa Kanonicznego)”. Sam prof. Tomasz Węcławski nie komentował swojej decyzji, odsyłając do swoich wykładów.