Wojna dopiero wisiała w powietrzu, a krakowscy historycy sztuki, wraz z urzędnikami warszawskimi, już myśleli o tym, jak ocalić ołtarz i inne dzieła przed grabieżą. Jednym z najgorętszych orędowników ukrycia najcenniejszych eksponatów był dr Karol Estreicher. W sierpniu i wrześniu 1939 roku zorganizowano ewakuację figur z ołtarza Wita Stwosza barkami do Sandomierza.

Udało się je ukryć w tamtejszej katedrze – nie na długo jednak. Wkrótce znalazł się zdrajca, który odkrył przed Niemcami miejsce przechowywania rzeźb. 7 października 1939 roku oddział SS prof. Paulsena przewiózł samochodami do Berlina 30 pak z figurami. Akcja została objęta ścisłą tajemnicą. Najpierw schowano figury w skarbcu Banku Rzeszy, później trafiły do rodzinnej miejscowości rzeźbiarza, Norymbergi, i tam spoczywały w schronie zbudowanym u podnóża zamku.

Ale to nie wszystko. Niemcy postanowili rozmontować także szafę ołtarzową w kościele Mariackim. W marcu 1940 roku przyjechała do Krakowa ekipa niemieckich historyków sztuki i cieśli. Nocami, podczas godziny policyjnej, rozpiłowywali nienaruszoną od XV wieku szafę na części. Niemcy obeszli się z nią brutalnie. Ta kradzież była szokiem dla mieszkańców Krakowa.

Historyk sztuki na tropie
Karol Estreicher był już wtedy w Londynie i tam, w rządowym Biurze Prac Kongresowych, zajmował się dokumentowaniem polskich strat kulturalnych. We wrześniu 1940 roku udał się do Berna, by u szwajcarskich antykwariuszy zasięgnąć języka na temat losów zrabowanego dzieła. Okazało się, że jeden z antykwariuszy, utrzymujący kontakty zawodowe z III Rzeszą, wiedział o miejscu przechowywania figur. Potwierdziły się przypuszczenia krakowskich specjalistów, którzy zauważyli, że szafę wywoziła norymberska firma spedycyjna.

Polski rząd w Londynie utrzymywał jednak wiedzę o tym fakcie w tajemnicy, by nie spłoszyć Niemców. Londyńskie radio celowo podawało, że ołtarz ukryto w Berlinie. W 1942 roku Karol Estreicher został oddelegowany do Stanów Zjednoczonych, gdzie wszedł w skład komisji rządowej do spraw rewindykacji. Dwa lata później wziął udział w powołaniu kolejnej, tym razem międzynarodowej komisji Vauchera. Jej zadaniem było przygotowanie regulacji prawnych i zorganizowanie restytucji dzieł sztuki po klęsce Niemiec.