Jej celem jest przeprowadzenie programu badawczego: „Inwigilacja Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w RP przez służby bezpieczeństwa w latach 1945–1989”. Na pierwszym spotkaniu komisja zdecydowała o wystosowaniu do prezesa IPN prośby o umożliwienie dostępu do akt personalnych i innych dokumentów zgromadzonych w archiwum IPN, dotyczących inwigilacji Kościoła ewangelicko-augsburskiego w Polsce między rokiem 1945 a 1989.

Komisję Historyczną Kościoła luterańskiego powołał 2 III br. Konsytorz Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w RP w porozumieniu z Radą Synodalną i Konferencją Biskupów, na wniosek bpa Janusza Jaguckiego. Tworzą ją dwa trzyosobowe zespoły badawcze – jeden dla północnej Polski, a drugi dla diecezji południowej Polski. Doradcą komisji został prof. Andrzej Friszke z Kolegium IPN.