Mało kto pamięta, ale w pierwszych wiekach chrześcijaństwa Afryka wydała kilku papieży: św. Wiktora (189-199), św. Milcjadesa (311-314) i św. Gelazjusza (492-496). Jednak po raz pierwszy kontynent ten odwiedził dopiero Paweł VI w 1969 r. Pojechał do Ugandy, gdzie oddał hołd XIX-wiecznym męczennikom z tego kraju – Karolowi Lwandze i towarzyszom, których kanonizował pięć lat wcześniej. Wziął też udział w pierwszym posiedzeniu Sympozjum Konferencji Biskupich Afryki i Madagaskaru (SCEAM. Bł. Jan Paweł II przebywał w Afryce wielokrotnie. W latach 1980-2000 był w sumie w 44 państwach (włącznie z kilkoma wyspami Oceanu Indyjskiego), w niektórych po dwa (Benin, Burkina Faso, Kamerun, Nigeria, Zair), a nawet trzy razy (Kenia i Wybrzeże Kości Słoniowej). Łącznie spędził w Afryce ponad trzy miesiące, odwiedzając około stu miejscowości. Benedykt XVI jak dotychczas odbył jedną podróż na Czarny Ląd – w 2009 r. do Kamerunu i Angoli.

Chrześcijaństwo dotarło do północnej Afryki już w czasach apostolskich. Według tradycji, jako pierwszy zaniósł je tam ewangelista, św. Marek. Rozwijało się ono tak prężnie, że w IV w. tylko w Egipcie i Libii było około 100 diecezji, zaś w Afryce Północno-Zachodniej w VI w. aż 700! To tam rozwijała się chrześcijańska teologia, m.in. dzięki działającej w Aleksandrii słynnej szkole katechetycznej. Tam również trwały krwawe prześladowania wyznawców Chrystusa w III-IV w., których zginęło kilkadziesiąt tysięcy. Jednocześnie szerzyły się tam herezje, zwłaszcza monofizytyzm. Znany historyk Kościoła, ks. Bolesław Kumor podaje, że w VII w. w Egipcie obok 36 mln monofizytów żyło zaledwie 250 tys. ortodoksyjnych chrześcijan!

Mieszkańcami Afryki byli ojcowie i doktorzy Kościoła: św. Atanazy, św. Klemens Aleksandryjski, św. Cyprian, św. Cyryl Aleksandryjski, Tertulian, Orygenes, św. Augustyn... To Afryka, za sprawą świętych: Pawła z Teb, Antoniego Pustelnika i Pachomiusza, stała się ojczyzną życia monastycznego. Wspominane w pierwszej modlitwie eucharystycznej święte: Perpetua i Felicyta zginęły śmiercią męczeńską w Kartaginie na terenie dzisiejszej Tunezji. Współcześnie najbardziej znaną świętą z Afryki jest Józefina Bakhita – zmarła w 1947 r. sudańska niewolnica, która została zakonnicą.

Po podboju północnej Afryki przez wyznających islam Arabów, chrześcijaństwo praktycznie tam zanikło aż do czasów kolonialnych. W X w. istniało jeszcze około 40 diecezji, ale do XII w. przetrwała tylko archidiecezja Kartaginy. Wyjątkiem były Etiopia i częściowo Egipt, gdzie ocalał Kościół koptyjski. Z kolei na południe od Sahary pierwsze, niezbyt udane próby ewangelizacji rozpoczęły się wraz wielkimi odkryciami geograficznymi. Prawdziwa epoka misyjna rozpoczęła się dopiero w XIX w. dzięki Europejczykom i trwała przez cały XX w. Szczególnie zasłużyły się w tej pracy zgromadzenia zakonne, m.in. duchacze, ojcowie biali, kombonianie, jezuici, karmelici, franciszkanie, Stowarzyszenie Misji Afrykańskich itd.