Katedra warmińska jest nie tylko kościołem biskupa, ale i siedzibą kapituły katedralnej. W parku wokół świątyni rozsiane są tzw. kanonie – zabytkowe rezydencje kanoników. Każdy z kanoników miał ponadto siedzibę w obrębie murów obronnych i odpowiadał za jeden z bocznych ołtarzy w katedrze. We współczesnym Kościele kapituły są już tylko reliktem tradycji, ale kapituły katedralne cieszyły się dawniej prawem wyboru biskupa, stanowiły rodzaj senatu diecezji, ich obowiązkiem były wspólne modlitwy i opieka na kościołem katedralnym. Kanonik niekoniecznie był księdzem, wystarczyły mu tzw. niższe święcenia. Chlubą kapituły warmińskiej, obchodzącej w ubiegłym roku 750-lecie istnienia,jest Mikołaj Kopernik. Niedawno zidentyfikowano jego grób w katedrze i dokonano ponownego pochówku tuż obok jego kanonickiego ołtarza. W jednej z wież obronnych Kopernik prowadził swoje badania, choć – jak podkreślają warmińscy duchowni – astronomia była raczej jego hobby.  Zasadniczym zajęciem było administrowanie majątkiem kapituły. Kopernik organizował obronę olsztyńskiego zamku należącego do kapituły przed nadciągającym atakiem Krzyżaków. W dawnej kanonii Kopernika we Fromborku mieści się dzisiaj jadłodajnia Caritas.

 Wawel północy

Leżący na skraju Warmii Frombork nie był dogodnym miejscem dla rządzących w niej biskupów. Dlatego od połowy XIV wieku biskupi rezydowali w Lidzbarku. Do dziś stoi tam zamek, monumentalny obronny czworobok z wieżyczkami na narożnikach. Pod koniec polskiego panowania dobudowano pałacowe przedzamcze, ostatnio pięknie odrestaurowane i funkcjonujące jako hotel. – Niektórzy historycy nazywają zamek w Lidzbarku Wawelem albo perłą północy – podkreśla kierownik zamkowego muzeum Władysław Strutyński. – Są tutaj najlepiej zachowane w Polsce krużganki z XIV wieku.

Na ścianach kaplicy zamkowej zamku widnieją herby wszystkich biskupów warmińskich. Na tej liście pojawiają się nazwiska niemieckie i polskie. Jest wśród nich renesansowy kard. Eneasz Piccolomini, którego kapituła wybrała na biskupa warmińskiego, ale zanim dotarł na Warmię, został wybrany na papieża. Pod rządami polskich biskupów Warmia (było wśród nich 4 kardynałów) przeżywała czas rozkwitu. Kardynał Stanisław Hozjusz i jego następca bp Marcin Kromer gorliwie wprowadzali tutaj reformy Soboru Trydenckiego. Hozjusz sprowadził na Warmię jezuitów i założył w Braniewie pierwsze w Polsce seminarium duchowne. W okresie renesansu lidzbarski zamek stał się ośrodkiem życia umysłowego i kulturalnego, konkurującym z protestanckim dworem w Królewcu. W Lidzbarku urzędował i tworzył bp Ignacy Krasicki, podpisujący się XBW (Książę Biskup Warmiński). Był on ostatnim przedrozbiorowym biskupem Warmii. Choć, jak na owe czasy, nie zaniedbywał specjalnie obowiązków pasterza, generalnie był słabym dyplomatą i gospodarzem, szybko też pogodził się z utratą Warmii po I rozbiorze Polski.