Wśród objętych szczególną ochroną manuskryptów znajdują się najstarsze na świecie kopie dzieł Homera, Euklidesa, Cycerona, Wergiliusza czy Dantego, nie wspominając o antycznych zabytkach piśmiennictwa chrześcijańskiego, w tym kodeksach biblijnych.

Powstanie też pomieszczenie dla papirusów, które będą przechowywane w specjalnej ochronnej atmosferze. Pierwsze fazy kompleksowego remontu papieskiej biblioteki zakończą się prawdopodobnie jeszcze w tym roku, reszta nie wcześniej niż za rok.