Mszy św. pogrzebowej odprawionej 3 lutego w bazylice Świętego Krzyża (na zdjęciu) przewodniczył Prymas Polski.

W homilii abp Józef Życiński odczytał ostatni wiersz ks. Jana Twardowskiego, podyktowany przed śmiercią czuwającym przy nim osobom:
Zamiast śmierci,
racz z uśmiechem
przyjąć Panie,
pod Twe stopy
życie moje,
jak różaniec.

Wspominał, że ks. Twardowski o szóstej rano w pustym kościele siadał do konfesjonału, zaś o trzeciej po południu klękał przed tabernakulum. „Odchodząc, pozostań z nami, Janie, gdy trzeba iść dalej” - zakończył. Ks. Twardowski chciał spocząć na Powązkach. Prymas zdecydował inaczej. Ciało księdza złożono w marmurowym sarkofagu, w krypcie zasłużonych w Świątyni Opatrzności Bożej.