Został pochowany na cmentarzu w Tyńcu. Uroczystościom pogrzebowym przewodniczył metropolita krakowski abp Stanisław Dziwisz. Pogrzeb rozpoczął się uroczystymi nieszporami w kościele opactwa tynieckiego. Po nabożeństwie odbyła się Msza św., której przewodniczył abp Stanisław Dziwisz.

– Ojciec Augustyn jako biblista przebywał ciągle pośród słów Pisma Świętego, które odczytywał, komentował i karmił się nimi. Karmił nimi także innych, zwłaszcza kleryków i studentów. Dlatego wielka wspólnota jego uczniów, rozsiana po całej Polsce, z wdzięcznością staje dziś z nami przy jego trumnie, aby go pożegnać – powiedział w homilii metropolita krakowski.