W okresie okupacji niemieckiej w latach 1941–1944 Ponary były największym miejscem straceń obywateli polskich, zamieszkujących Kresy Północno-Wschodnie. Sprawcami zbrodni byli członkowie specjalnych grup operacyjnych, składających się z funkcjonariuszy niemieckiej policji, służby bezpieczeństwa, gestapo i litewskiego oddziału specjalnego „Ypatingasis Burys”.

Na podstawie wyników ekshumacji dokonanych na miejscu zbrodni oraz śledztw prowadzonych przez organa ścigania różnych państw szacuje się, że łączna liczba zamordowanych może wynosić około 100 tysięcy.