Przed zamknięciem drewnianej trumny z ciałem Jana Pawła II nastąpił obrzędem przykrycia jego twarzy białym welonem. Towarzyszyła temu modlitwa do Pana życia i śmierci: "Wierzymy, że życie Jana Pawła II jest obecne w Tobie. Jego twarz, nieoświetlona już światłem tego świata niech będzie na zawsze oświetlona Twoim, wiecznym i niewyczerpanym Światłem. Jego Twarz, która badała Twoje szlaki, żeby wskazać je Kościołowi, niech cieszy się Twoją łaską. Jego twarz, której my już nie będziemy oglądać, niech cieszy się Twoją obecnością".

Jan Paweł II został pochowany w miejscu, gdzie do 2001 r. był grobowiec Jana XXIII. Trumnę z ciałem tego papieża przeniesiono w związku z jego beatyfikacją (3 września 2000) do bazyliki św. Piotra.

Pogrzeb Jana Pawła II, który miał miejsce 8 kwietnia 2005 roku w Rzymie, stał się największym w dziejach świata zgromadzeniem najważniejszych przedstawicieli globu. W pożegnaniu papieża Wojtyły wzięło udział dwieście oficjalnych delegacji z szefami państw i rządów oraz przedstawicielami rodów królewskich i książęcych, przywódcami wyznań i religii z całego świata i szefami największych organizacji międzynarodowych.

Liturgii pogrzebowej Jana Pawła II przewodniczył dziekan kolegium kardynalskiego, kard. Joseph Ratzinger, a wraz z nim koncelebrowało 160 kardynałów i patriarchowie wschodnich Kościołów oraz kilkumilionowa rzesza wiernych ze wszystkich stron świata. W homilii podczas Mszy za duszę papieża kard. Ratzinger powiedział: „Możemy być pewni, że nasz umiłowany Papież jest obecnie w oknie domu Ojca niebieskiego, widzi nas i nam błogosławi”.

To właśnie Jan Paweł II "sprowadził" kard. Josepha Ratzingera, późniejszego Benedykta XVI, do Watykanu. 25 listopada 1981 r. dotychczasowy metropolita Monachium i Fryzyngi został mianowany prefektem Kongregacji Nauki Wiary. Stał się jedną z najbardziej wyrazistych postaci Watykanu i "strażnikiem doktryny" podczas całego niemal pontyfikatu papieża Wojtyły.

Podczas uroczystości pogrzebowej na Placu św. Piotra, zgodnie z tradycją trumna z ciałem papieża spoczęła nie na katafalku, lecz na dywanie rozłożonym na kamiennych schodach bazyliki. Przed pochówkiem w grotach watykańskich, cyprysową trumnę umieszczono w drugiej, metalowej i ocynkowanej. Na obydwu umieszczono pieczęcie urzędów watykańskich. Do środka włożono medale pamiątkowe pontyfikatu. Ciało Jana Pawła II zostało złożone do grobu 8 kwietnia o 14.20.

Fragment książki "1001 rzeczy, które warto wiedzieć o Janie Pawle II", Wydawnictwo M, Kraków