Papież zmarł 2 kwietnia 2005 r. w wieku 84 lat. Zgon nastąpił o 21. 37. Przy łożu Jana Pawła II umierającego w papieskich apartamentach byli jego najbliżsi współpracownicy m.in.: abp Stanisław Dziwisz osobisty sekretarz papieża, ks. prof. Tadeusz Styczeń, jego uczeń z KUL, ks. prałat Mieczysław Mokrzycki i opiekujące się Janem Pawłem II na co dzień siostry sercanki. Obecna była także dr Wanda Półtawska, którą z ks. Wojtyłą łączyła wieloletnia współpraca i przyjaźń.

Na dwa dni przed śmiercią Jan Paweł II zawierzył Kościół i świat Bożemu Miłosierdziu. W specjalnym telegramie z 31 marca 2005 na uroczystość Bożego Miłosierdzia w Łagiewnikach r., napisał m.in. "Pragnę ponownie zawierzyć tej Miłości Kościół i świat, wszystkich ludzi na całym okręgu ziemi, a także siebie samego w mojej słabości". Telegram został odczytany w sanktuarium nazajutrz po śmierci papieża, w niedzielę 3 kwietnia.

Pontyfikat 264. następcy św. Piotra trwał 26 lat 5 miesięcy i 16 dni i był trzecim co do długości w historii papiestwa – po św. Piotrze i Piusie IX. W audiencjach generalnych u Jana Pawła II uczestniczyło w sumie około 18 milionów osób.

Przejmujący opis ostatnich chwil Jana Pawła II przekazał kilka dni po jego śmierci obecny przy nim do końca ks. prof. Tadeusz Styczeń. "Byłem świadkiem, jak podnosił ręce (...) jak gdyby wołał . (...) ta twarz pojawiła się nieoczekiwanie jako twarz kogoś uśmiechniętego (...). Uśmiech, który jak gdyby nie konał, ale pozostawał żywy, coraz bardziej wymowny".

Zgodnie z tradycją towarzysząca pochówkom papieży, do trumny z ciałem Jana Pawła II włożono – zapieczętowany w specjalnej metalowej tubie – napisany po łacinie jego krótki życiorys. Początek tego dokumentu, zwanego "rogito", brzmi: „W świetle Chrystusa zmartwychwstałego, 2 kwietnia roku Pańskiego 2005, o godzinie 21:37 wieczorem, gdy sobota dobiegała kresu i weszliśmy już w Dzień Pański w Oktawie Wielkanocy i Niedzielę Bożego Miłosierdzia, umiłowany Pasterz Kościoła Jan Paweł II przeszedł z tego świata do Ojca. Jego odejściu towarzyszył modlitwą cały Kościół, zwłaszcza młodzież”.

Jan Paweł II, dzień przed śmiercią, pożegnał się ze swoim najbliższym otoczenie pisząc, z pomocą arcybiskupa Dziwisza, na niewielkiej karteczce: "Jestem radosny, wy także bądźcie. Módlmy się razem z radością. Wszystko powierzam Pannie Maryi".