Zagęszczająca się atmosfera na linii Kościół–państwo na początku lat 50. XX w., kolejne ciosy, jakie spotykały Kościół, powodowały, że pogłoski o aresztowaniu prymasa stawały się coraz częstsze. Ogłoszenie dekretu z lutego 1953 r. o obsadzie stanowisk kościelnych oznaczało w praktyce wprowadzenie w Polsce sowieckiego modelu „administrowania” Cerkwią. Zdecydowana odpowiedź episkopatu w memoriale „Non possumus” z 8 maja 1953 r. przypieczętowała los prymasa. Naciskano jeszcze na niego, by potępił biskupa kieleckiego Czesława Kaczmarka, którego proces właśnie się zakończył. Kardynał Wyszyński zaprotestował jednak przeciwko procesowi i tego rodzaju metodom walki politycznej. Decyzję o aresztowaniu prymasa podjęli prawdopodobnie Bolesław Bierut z Jakubem Bermanem. Najpierw sprawę tę dyskutowano na posiedzeniu Sekretariatu Biura Politycznego KC PZPR, a następnie Prezydium Rządu posłusznie wydało uchwałę zakazującą prymasowi sprawowania wszelkich funkcji na stanowiskach kościelnych. Motywy tej decyzji wyjaśniał komunikat rządu z 29 września 1953 r., w którym stwierdzono, że stało się to „na skutek uporczywego, mimo wielokrotnych ostrzeżeń, nadużywania przez ks. Arcybiskupa Stefana Wyszyńskiego piastowanych przez niego funkcji kościelnych dla łamania zasad Porozumienia, prowadzenia akcji podburzającej i wytwarzania atmosfery jątrzenia, sprzyjającej (…) wrogiej działalności”.