Potomek litewskich emigrantów w USA odpowiadał w Watykanie w latach 70. za kwestie finansowe, kierując Istituto delle Opere di Religione (IOR), czyli bankiem watykańskim. Organizował także podróże apostolskie Pawła VI i pierwsze pielgrzymki Jana Pawła II.

Po słynnym krachu Banco Ambrosiano, który posiadał gwarancje watykańskiego IOR-u, arcybiskup Marcinkus został oskarżony o współudział w tej aferze i był poszukiwany przez włoską prokuraturę. Uwolniony od zarzutów powrócił do USA.