Konferencja na temat „Relacje państwo–Kościół. Podstawowe zasady państwa prawa”, zorganizowana m.in. przez Sekretariat Episkopatu Polski, jasno wykazała, że zarówno Konstytucja RP, jak i wcześniejsze akty prawne stworzyły nowoczesny, zgodny z unijnymi standardami system, gwarantujący wolność religijną i poszanowanie autonomii w relacjach Kościół–państwo. Problem polega na tym, jak wykazały działania minister Barbary Nowackiej, że strona rządowa lekceważy te zapisy albo interpretuje je w sposób całkowicie zmieniający ich treść. Nie ułatwiają tych relacji także trwająca kampania prezydencka, różnice w koalicji rządzącej oraz kwestionowanie orzeczeń Trybunału Konstytucyjnego, jak ocenił współprzewodniczący Komisji Wspólnej Rządu i Episkopatu abp Józef Kupny.