Uroczystości pogrzebowe rozpoczęły się Mszą św. w parafialnej świątyni Wandy Półtawskiej - w bazylice Mariackiej w Krakowie. Uczestniczyli w nich m.in. prezydent RP Andrzej Duda z małżonką, przedstawiciele władz rządowych, parlamentarzyści, władze samorządowe i wojewódzkie. Obecne były także środowiska naukowe i medyczne. 

Uroczystości miały charakter państwowy.

Mszy św. przewodniczył kard. Stanisław Dziwisz. Wraz z nim przy ołtarzu stanęli abp Andrzej Dzięga, abp Stanisław Budzik, abp Wiktor Skworc, abp Józef Michalik i bp Stanisław Jamrozek, bp Kazimierz Górny i bp Jan Wątroba, bp Grzegorz Kaszak oraz krakowscy biskupi Jan Zając i Jan Szkodoń. 

Na początku Mszy św. odczytany został telegram kondolencyjny z Watykanu, zapewniający o duchowej łączności papieża Franciszka z rodziną i bliskimi zmarłej oraz uczestnikami uroczystości pogrzebowych.

„Wartość życia. Ceniła ją od lat młodości, które zbiegły się z tragicznym okresem drugiej wojny światowej, pełnym przemocy i śmierci” – napisał papież, przypominając uwięzienie młodej Wandy przez Gestapo, obóz koncentracyjny i „brutalne eksperymenty medyczne”, które „wyryły na niej piętno, noszone do końca życia”.

Bolesne doświadczenia nie zniszczyły w niej człowieczeństwa, ale stały się ogromną inspiracją do aktywnej obrony godności ludzkiego życia. Jako żona i matka, jako lekarz psychiatra i wykładowca akademicki, zaszczepiała w innych miłość i szacunek do ludzkiego istnienia, od poczęcia do naturalnej śmierci

– czytamy w liście przekazanym przez watykański Sekretariat Stanu.

Listy kondolencyjne przekazali ponadto m.in. abp Marek Jędraszewski, abp Wojciech Polak, abp Stanisław Gądecki, a także premier Mateusz Morawiecki.

- Żegnamy – nie wahamy się powiedzieć – nieprzeciętnego człowieka. Żegnamy prawdziwą uczennicę Jezusa Chrystusa, ukrzyżowanego i zmartwychwstałego Pana – mówił w homilii krakowski metropolita senior. Jak podkreślał, Wanda Półtawska była „szczególnym świadkiem minionych stu lat”, naznaczonych dyktaturą totalitarnych ideologii, odzyskaną wolnością i innymi wielkimi wydarzeniami w polskim życiu społecznym i narodowym.

Pani profesor wygłaszała na różnych współczesnych areopagach wiele wykładów i konferencji, zostawiła nam sporo tekstów i świadectw traktujących zawsze o ważnych sprawach człowieka, małżeństwa, rodziny, ludzkiej miłości, ale dzisiaj to przede wszystkim jej życie jest dla nas lekcją. Zostawiła bowiem świadectwo, które może nam pomóc na naszych drogach życia, miłości i służby

– stwierdził kard. Dziwisz.

Przypomniał życiorys zmarłej, która w młodości doświadczyła piekła obozu koncentracyjnego i pseudomedycznych eksperymentów. - To był najszlachetniejszy kruszec, jaki się wytopił i wyłonił z jej cierpienia, upokorzenia i udręki, ze znieważenia jej ludzkiej godności. W tym doświadczeniu pogłębiła się i umocniła jej wrażliwość na sprawy człowieka, jego godności i powołania do miłości jako istoty stworzonej na obraz i podobieństwo Boże – zaznaczył kaznodzieja.

Stała się ekspertem w sprawach życia małżeńskiego i rodzinnego, przygotowania młodych do takiego powołania. Nie mogła nie stać się wielkim obrońcą życia człowieka od chwili poczęcia do naturalnej śmierci. Pani profesor, o zdecydowanym charakterze i granitowej postawie moralnej, mówiła i robiła to, co jej nakazywało chrześcijańskie sumienie. Nie szła na żadne układy i kompromisy

– mówił, przyznając, że nie przysporzyło jej to zwolenników w środowiskach myślących odmiennie.

Długoletni sekretarz Jana Pawła II mówił również o jej przyjaźni z Karolem Wojtyłą. - Ten kapłan i duszpasterz, inteligentny i wrażliwy, zrozumiał dylematy byłej więźniarki obozu zagłady, która się otarła o bezgraniczne zło, o system nienawiści do człowieka. Z tego doświadczenia i wzajemnego zrozumienia zrodziło się wielkie dobro dla Kościoła i społeczeństwa – podkreślał, mówiąc o wspieraniu przez Wandę Półtawską duszpasterskich inicjatyw metropolity krakowskiego, wspólne przygotowania podwalin pod poradnictwo rodzinne w parafiach, w czym byli pionierami. 

Wspominając ich późniejsze relacje, gdy kard. Wojtyła został papieżem, kaznodzieja stwierdził, że „niepowtarzalne doświadczenie” Wandy Półtawskiej zaowocowało na szerszym polu, dla dobra Kościoła powszechnego. 

Jak podkreślał kard. Dziwisz, Wanda Półtawska w okresie komunizmu była jedną z tych, którzy starali się ocalić i przekazać nowemu pokoleniu „chrześcijańską wizję świata, chrześcijański system wartości i spojrzenie na człowieka, na jego cielesność i płciowość, na jego jedność psychofizyczną i powołanie do miłości”. Według niego należy ona do grona „wybitnych i zasłużonych dla polskiej kultury Polek i Polaków naszych czasów”.

Na zakończenie Mszy św. głos zabrał prezydent RP Andrzej Duda. Nazwał Wandę Półtawską „niezłomną wojowniczką o drugiego człowieka”. Przypomniał jej zaangażowanie harcerskie i wojenne doświadczenia, które przetrwała „niezwykłą siłą ducha, umysłu i ciała, choć wątłego”. – Myślę, że jej ducha nie pomieściłaby bazylika Mariacka. Tak był wielki i silny, Przetrwał wszystko przez 102 lata długiego życia – mówił A. Duda, zwracając uwagę, że te doświadczenia zaowocowały postanowieniem zostania lekarzem.

Prezydent Duda podkreślał, że zaangażowanie Wandy Półtawskiej w pomoc małżeństwom, rodzinom i dzieciom to „nieocenione dzieło” dla Polski, którą umiłowała.

Dzięki Pani pracy i służbie drugiemu człowiekowi z całą pewnością Polska jest piękniejsza niż mogłaby być, gdyby Pani nie było. I lepsza, za co z całego serca dziękuję

– mówił.

Podczas wyprowadzania trumny z ciałem Wandy Półtawskiej z kościoła rozległy się oklaski żegnających ją żałobników.

Po Mszy św. odbył się pochówek Wandy Połtawskiej. Jej ciało zostało złożone obok zmarłego trzy lata temu męża Andrzeja na cmentarzu Salwatorskim w Krakowie.