W przeszłości litewskie prawosławie było częścią metropolii kijowskiej, podporządkowanej Patriarchatowi Konstantynopolitańskiemu. Ten zmienił się pod koniec XVIII w., kiedy zwierzchnictwo nad tymi terenami przejęła Moskwa. Dzisiaj metropolia wileńska (55 parafii i 2 klasztory) ma status diecezji Patriarchatu Moskiewskiego. Od 2010 r. kieruje nią metropolita Innocenty (Wasiliew), Rosjanin wyznaczony na to stanowisko przez Cyryla. Prawosławna wspólnota na Litwie (licząca ok. 125 tys. osób) skupia wiernych wywodzących się z mniejszości narodowych – rosyjskiej, białoruskiej i ukraińskiej. W ostatnim czasie na Litwę przybyła jednak wielka fala uchodźców, najpierw z Białorusi, a obecnie z Ukrainy. Jest i niemała grupa Rosjan, kontestujących reżim Putina. Język rosyjski w Wilnie słyszy się wszędzie, co powoduje, że rośnie także ranga prawosławia.