Jan Paweł II zmarł 2 kwietnia 2005 r. w wieku 84 lat. Zgon nastąpił o 21. 37. Przy łożu papieża umierającego w papieskich apartamentach byli jego najbliżsi współpracownicy m.in.: abp Stanisław Dziwisz osobisty sekretarz papieża, ks. prof. Tadeusz Styczeń, jego uczeń z KUL, ks. prałat Mieczysław Mokrzycki i opiekujące się Janem Pawłem II na co dzień siostry sercanki. Obecna była także dr Wanda Półtawska, którą z ks. Wojtyłą łączyła wieloletnia współpraca i przyjaźń.

Trumnę z ciałem papieża wystawiono w bazylice św. Piotra. Od 3 kwietnia do czasu pogrzebu hołd Zmarłemu złożyło ponad 3 mln osób z całego świata, którzy – dzień i noc – stali często wiele godzin w ogromnej kolejce, by przez chwilę i po raz ostatni spojrzeć na Papieża i pomodlić się za niego.

Zgodnie z tradycją towarzysząca pochówkom papieży, do trumny z ciałem Jana Pawła II włożono – zapieczętowany w specjalnej metalowej tubie – napisany po łacinie jego krótki życiorys. Początek tego dokumentu, zwanego "rogito", brzmi: „W świetle Chrystusa zmartwychwstałego, 2 kwietnia roku Pańskiego 2005, o godzinie 21:37 wieczorem, gdy sobota dobiegała kresu i weszliśmy już w Dzień Pański w Oktawie Wielkanocy i Niedzielę Bożego Miłosierdzia, umiłowany Pasterz Kościoła Jan Paweł II przeszedł z tego świata do Ojca. Jego odejściu towarzyszył modlitwą cały Kościół, zwłaszcza młodzież”. Dokument zamyka zdanie: „Jan Paweł II pozostawił wszystkim niezwykłe świadectwo pobożności, świętego życia i powszechnego ojcostwa”.

Pogrzeb Jana Pawła II, który miał miejsce 8 kwietnia 2005 roku w Rzymie, stał się największym w dziejach świata zgromadzeniem najważniejszych przedstawicieli ziemskiego globu. W pożegnaniu papieża Wojtyły wzięło udział dwieście oficjalnych delegacji z szefami państw i rządów oraz przedstawicielami rodów królewskich i książęcych, przywódcami wyznań i religii z całego świata i szefami największych organizacji międzynarodowych.

Podczas liturgii pogrzebowej ponad Placem św. Piotra powiewało kilka wielkich transparentów z hasłem „Santo subito”, czyli „Święty natychmiast”. W ten sposób wierni dali wyraz swemu przekonaniu o świętości papieża oraz temu, że Kościół powinien potwierdzić to oficjalnym wyniesieniem Jana Pawła II na ołtarze.