Trzy dni wcześniej, w Wielki Piątek 30 marca, hierarcha udzielił w swej rezydencji schronienia dziesiątkom węgierskich dziewcząt. Do miasta wkroczyli bowiem żołnierze Armii Sowieckiej, którzy masowo gwałcili napotkane kobiety. Pijani sołdaci wtargnęli także do pałacu biskupiego, żądając wydania uciekinierek. Dostojnik stanowczo odmówił, zastępując im drogę. Doszło do szamotaniny, podczas której jeden z napastników zaczął strzelać. Siostrzeniec biskupa, 17-letni Sándor Pálffy, zasłonił wuja swoim ciałem. Przeszyły go trzy kule. Nie zdołał ocalić duchownego, który również został trzykrotnie postrzelony – w czoło, prawe ramię i brzuch. Ostatni strzał okazał się śmiertelny. Mimo przewiezienia do szpitala i przeprowadzenia tam operacji Vilmosa Apora nie udało się uratować. Przed zgonem przebaczył swemu zabójcy i ofiarował cierpienie w intencji potrzebujących. Jego interwencja okazała się skuteczna, ponieważ żołnierze wycofali się i nie skrzywdzili dziewcząt. Historycy szacują, że w tym czasie Sowieci mogli zgwałcić na Węgrzech ok. 200 tys. kobiet.