Wielki Czwartek, święto wszystkich kapłanów, a w tym roku to też kolejna, ósma już rocznica śmierci ks. Jana Kaczkowskiego. Dacie wiarę, że mało brakowało, a nie zostałby księdzem?! Głównym powodem miał być jego bardzo słaby wzrok. Najpierw nie przyjęli go z tego powodu jezuici. Później, dzięki interwencji swojego taty u Macieja Płażyńskiego, który znał arcybiskupa, został przyjęty do seminarium duchownego.

Kapłaństwo Jana było jakieś inne, podobnie jak On był inny. Jako kleryk miał przezwisko "skaner": gdy czytał - będąc osobą słabowidzącą - musiał być pochylony, by dostrzec litery. Cecha ta sprawiła, że, jak wielokrotnie wspominał, jego kapłaństwo nie było traktowane zbyt poważnie przez ówczesną, gdańską hierarchię. On jednak zaskoczył. Nie tylko skończył podyplomowo specjalistyczne studia z bioetyki, ale także obronił świetny doktorat z teologii moralnej dotyczący godności człowieka umierającego. I tu jego nauczanie o dylematach w medycynie było także inne. Będąc księdzem, świetnie łączył magisterium Kościoła z naukami przyrodniczymi.  Gdy pytano go, jak myśli, dlaczego ma glejaka mózgu (a wcześniej nowotwór nerki), ze znaną sobie ironią mówił, że raka nie zsyła siedzący na chmurce mściwy Bóg. Choroby i zaburzenia nie wynikają z braku wiary, lecz z konkretnych zaburzeń w funkcjonowaniu komórek ludzkiego organizmu. Temat komórki potrafił jednak mocno pożenić z teologią. Z zapałem opowiadał, że fenomen Stwórcy polega na tym, że zdecydował się "wejść w biologię człowieka". On stał się człowiekiem.