W programie litewskiej części tej pielgrzymki znalazło się między innymi modlitewne spotkanie z młodzieżą. Wpisuje się ono w bezpośrednie przygotowanie do Synodu Biskupów poświęconego miejscu młodych ludzi w Kościele. Litewska młodzież przygotowała więc dla papieża prezentację opowiadającą o problemach i życiu młodego pokolenia. W programie papieskiej wizyty na Litwie nie mogło zabraknąć nawiedzenia sanktuarium w Ostrej Bramie. Na miejsce Mszy św. z udziałem litewskich katolików wybrano Kowno. 24 września Franciszek przebywać będzie na Łotwie, gdzie w stolicy, Rydze, spotka się z władzami oraz przedstawicielami innych Kościołów chrześcijańskich, a Mszę św. odprawi w sanktuarium maryjnym w Agłonie. 25 września uda się do Tallina, aby spotkać się z niewielką wspólnotą katolików estońskich. Podczas pielgrzymki papież mieszka w nuncjaturze apostolskiej w Wilnie. To jedyna placówka dyplomatyczna Stolicy Apostolskiej w krajach bałtyckich. Pomimo wielu podobieństw sytuacja w każdym z tych krajów jest odmienna, podobnie jak pozycja Kościoła katolickiego.