Fundusz Kościelny to jeden z reliktów komunizmu, utworzony w 1950 roku na mocy ustawy o przejęciu przez państwo tzw. dóbr martwej ręki. Miał „rekompensować” straty poniesione przez Kościół w wyniku pozbawienia go majątku w majestacie obowiązującego wówczas komunistycznego prawa. Okradanie społeczeństwa, czy – jak kto woli – powszechna kolektywizacja, przeprowadzona przez władzę ludową po II wojnie światowej, dotknęła również Kościół katolicki. Była to realizacja jednego z głównych założeń nowego ustroju, czyli likwidacji „pozostałości przywilejów obszarniczo-feudalnych” (ściśle w duchu PKWN). Dobra kościelne były kąskiem ogromnych rozmiarów: według danych ze spisu powszechnego przeprowadzonego przed wojną, Kościół dysponował ponad 240 tys. hektarów majątków ziemskich. Oczywiście po wojnie, a więc po zmianie granic, dane przedstawiały się nieco inaczej: władze oceniły, że Kościół w Polsce Ludowej posiada blisko 169 tys. ha nieruchomości ziemskich (dane nie obejmują jednak ziem północnych i zachodnich). W ciągu zaledwie 10 pierwszych miesięcy obowiązywania ustawy z 1950 roku, komuniści zabrali Kościołowi prawie 90 tys. hektarów. Polityka rabunkowa była kontynuowana w kolejnych latach. 

A co ma z tym wspólnego Fundusz Kościelny? Otóż komuniści okazali się „wspaniałomyślnie uczciwi”: w ustawie zezwalającej na grabież kościelnego mienia zapisano, że dochody z przejętych nieruchomości przeznaczone będą wyłącznie na cele… kościelne i charytatywne. Powstały w ten sposób Fundusz Kościelny miał być zatem rekompensatą za poniesione straty. W rzeczywistości ustawa w PRL nigdy nie była realizowana. Ukradzione dobra włączono do Państwowego Zasobu Ziemi bez ustalania wysokości dochodów, jakie miałyby przynosić! Z tego też powodu do Funduszu trafiały nie realne dochody, a sztucznie ustalane dotacje z budżetu, które były o wiele niższe niż ewentualne zyski z utraconych majątków. Fundusz w praktyce posłużył komunistom jako instrument rozgrywania Kościoła od wewnątrz. Środki z niego pochodzące przeznaczano m.in. na działalność „księży patriotów”, popierających niedemokratyczny ustrój, w tym przede wszystkim na pokrycie składek emerytalnych księży poprawnych politycznie.

Wolne państwo polskie w 1989 roku odziedziczyło dziwny twór poprzedniej epoki i do dzisiaj jest zobowiązane zasilać Fundusz Kościelny. Oczywiście już w pierwszym roku wolności uchwalono ustawę o ubezpieczeniu społecznym duchownych, która pozwoliła opłacać z Funduszu składki emerytalno-rentowe wszystkim duchownym, a nie tylko „patriotom”. Dodatkowe rozporządzenia określiły jasno, na co mają być przeznaczane środki. Oprócz składek społecznych i zdrowotnych duchownych (dziś to ponad 90 proc. środków) są to również: wspomaganie kościelnej działalności charytatywnej i oświatowo-wychowawczej oraz odbudowa, remont i konserwacja zabytkowych obiektów sakralnych. Problem polega na tym, że władze komunistyczne przez dziesiątki lat roztrwoniły zagrabiony majątek i nie przeznaczały dochodów z niego pochodzących na rzecz Funduszu. Dlatego też dzisiaj państwo, obciążone zobowiązaniami ustawy z początku lat 50., musi co roku zapewnić w budżecie środki na cele archaicznego Funduszu Kościelnego. Z jednej strony nawet rosnąca co roku kwota (na przyszły rok przewidziano 257 mln zł) to i tak niewiele w porównaniu z dzisiejszą wartością rynkową zagrabionego dawniej mienia, z drugiej – system rodzi wiele dwuznaczności i niejasności w relacji państwo-Kościoły/związki wyznaniowe. Wygląda to bowiem tak, jakby państwo faktycznie dotowało Kościół. Ten niewygodny dla obu stron spadek poprzedniej epoki jest coraz bardziej uwierający i na dłuższą metę bardzo niebezpieczny, przede wszystkim dla Kościoła, który de facto jest częściowo uzależniony od finansów państwa. 

Czy jest z tego wyjście? Możliwych rozwiązań, działających w Europie, jest wiele. W Polsce najczęściej przywoływany jest model włoski lub węgierski jako najkorzystniejsze rozwiązanie - dobrowolny odpis od podatku – i ze wstępnych zapowiedzi premiera Donalda Tuska można wnioskować, że prace będą szły w podobnym kierunku. Wątpliwości budzi model niemiecki, gdzie obligatoryjny podatek, choć daje poczucie bezpieczeństwa Kościołom, stwarza wiele problemów duszpasterskich, a także model belgijski, gdzie Kościół jest niemal całkowicie uzależniony od państwa. W rzeczywistości i jeden, i drugi model nie jest idealny: dobrowolny odpis od podatku wydaje się najrozsądniejszy, ale może skutkować nagłym drastycznym spadkiem środków na utrzymanie tego, co teraz gwarantuje Fundusz Kościelny; z kolei obowiązkowy podatek niemal na pewno skutkowałby tym samym, co od lat obserwujemy w Niemczech: masowym wypisywaniem się z Kościoła. Problem w tym, że utrzymanie Funduszu Kościelnego wcale nie jest dobrą alternatywą. Konieczne jest znalezienie optymalnego rozwiązania, które musi balansować gdzieś pomiędzy tymi modelami. Nadmierne powiązanie z budżetem państwa może rodzić patologię i skazywać Kościół na ciągłe oskarżenia o sięganie po kasę państwową (bo mało kto pamięta, że to rekompensata za zagrabione mienie). Z drugiej zaś strony nawoływanie do całkowitego odcięcia Kościołów od środków państwowych nie uwzględnia prostego faktu, że Kościoły nie są prywatnymi firmami, tylko działającymi na korzyść całego społeczeństwa wspólnotami.