Zalecał np. udzielanie rozgrzeszenia wszystkim obecnym w kościele, zamiast spowiedzi z wyznaniem grzechów przed kapłanem. Do diecezjalych szkół wprowadził kontrowersyjny program edukacji seksualnej. Wydał też list pasterski, w którym domagał się kapłaństwa kobiet i żonatych mężczyzn oraz uznania ważności liturgii sprawowanych przez pastorów anglikańskich i luterańskich.

Mimo wychodzenia naprzeciw postulatom liberalnego świata, świat się biskupowi nie odwzajemnił i nie odpowiedział nawróceniami. Wręcz przeciwnie: w diecezji Toowoomba od wielu lat nie ma żadnych powołań. Działania biskupa nie podobały się także wielu świeckim katolikom, dla których liczy się wierność Ojcu Świętemu.

Dzięki ich prośbom Watykan w końcu zdecydował się przysłać do Toowoomba wizytatora apostolskiego, szanowanego amerykańskiego abp. Charlesa Chaputa. Na podstawie wyników jego dochodzenia Benedykt XVI pozbawił bp. Morrisa władzy pasterskiej nad diecezją. 67-letni bp Morris odszedł na emeryturę, choć zwykle biskupi przechodzą na nią w wieku 75 lat.