Szybko okazało się, że klasztor wraz ze skromną kaplicą, gdzie umieszczone są relikwie apostołki Bożego Miłosierdzia i obraz Jezusa Miłosiernego, nie mieszczą pielgrzymów, których przybywało coraz więcej. Dlatego w 1996 roku kard. Franciszek Macharski powołał fundację, której celem była rozbudowa sanktuarium, oraz Stowarzyszenie „Faustinum” z misją szerzenia kultu Bożego Miłosierdzia. Rok później to miejsce odwiedził Jan Paweł II. „Niech to sanktuarium, znane już w wielu częściach świata, stanie się promieniującym na cały Kościół ośrodkiem kultu Bożego Miłosierdzia” – zaapelował papież. We wrześniu 1999 roku kard. Franciszek Macharski poświęcił plac budowy bazyliki i kompleksu duszpastersko-pielgrzymkowego jako pomnik upamiętniający 2 tys. lat chrześcijaństwa i tysiąclecie biskupstwa krakowskiego.

Trzy lata później Jan Paweł II konsekrował nową świątynię i zawierzył świat Bożemu Miłosierdziu, prosząc swoich rodaków, by stawali się wiarygodnymi apostołami Jezusa Miłosiernego. Od czasu pielgrzymki Jana Pawła II akt zawierzenia świata Bożemu Miłosierdziu ponawiany jest podczas każdej Mszy św. Dwa dni przed śmiercią Jan Paweł II ponownie zawierzył Kościół i świat Bożemu Miłosierdziu. W specjalnym telegramie na uroczystość Miłosierdzia Bożego w Łagiewnikach z 31 marca 2005 r. napisał m.in.: „Pragnę ponownie zawierzyć tej Miłości Kościół i świat, wszystkich ludzi na całym okręgu ziemi, a także siebie samego w mojej słabości”.