Nie szukał ich. Był nimi przerażony, onieśmielony, zawstydzony. W pierwszym odruchu marzył jedynie o tym, by zniknęły. Tak wspominał ranek 20 września 1918 roku: „Dostałem nagle wielkich dreszczy po całym ciele. Potem nastał spokój i zobaczyłem naszego Pana w postawie jak na krzyżu, choć miałem wrażenie, że nie było krzyża, skarżącego się na brak wzajemności u ludzi, szczególnie tych, którzy mu się poświęcili i przez Niego bardziej są umiłowani. Widać było, że cierpi i że chce, by dusze ludzkie dzieliły z Nim Jego cierpienie. Zapraszał mnie, bym przejął się Jego cierpieniem (…) i bym jednocześnie troszczył się o zbawienie braci. Na te słowa poczułem się przepełniony współczuciem dla cierpienia Pana i zapytałem Go, co mógłbym zrobić. Usłyszałem głos: »Weź udział w mojej Męce«. Gdy wizja już się skończyła, wszedłem w głąb siebie i rozpamiętywałem, co się wydarzyło.

Wtedy zobaczyłem te znaki, z których kapały krople krwi. Przedtem niczego nie miałem”. Po latach przyparty do muru przez inkwizytora, pytany o stygmaty, o. Pio bezradnie zawołał: „Przysięgam, na miłość boską. O, jakże byłbym wdzięczny Panu, gdyby mnie od tego uwolnił!”. Ukrywał rany przed światem i bardzo irytował się tym, że ściągały do San Giovanni Rotondo ciekawskie tłumy. Drażniło go, że ludzie przychodzą zobaczyć cudowności i bardziej interesuje ich sposób sprawowania przez niego Eucharystii niż sama Msza Święta. Giovanni Siena, który poznał kapucyna w latach dwudziestych XX wieku i pozostał przy nim aż do śmierci w roku 1968, wspominał: „Był w stanie nieustannego ukrzyżowania. Jego rany zadawały mu śmiertelny ból. Gdy jedna z jego duchowych córek chciała, aby podzielił się choć trochę swoim bólem, odpowiedział: »Jeśli cierpiałabyś choć po części jak ja, to by cię zabiło«. A mimo to potrafił nadrabiać uśmiechem, żartem, uprzejmością, zabawną odpowiedzią czy wesołym tonem rozmowy. »Od jak dawna Ojciec cierpi?« – zapytałem. »Od poczęcia« – usłyszałem w odpowiedzi”. Imię ojca Pio wraca w dyskusjach dotyczących suspendowanych kapłanów, tych, którzy okazali nieposłuszeństwo lub zostali publicznie upomnieni przez przełożonych.

Za każdym razem refren broniących ich komentarzy brzmi: „Przecież o. Pio był również prześladowany przez Kościół”. Tak, był prześladowany, ale na niezrozumiałe dla niego polecenia reagował posłuszeństwem. Podporządkował się wszystkim nakazom, bo traktował je jako próbę. Najbardziej cierpiał, gdy pozbawiono go na dwa lata prawa do sprawowania funkcji kapłańskich z wyjątkiem odprawiania Mszy Świętej. Mógł ją celebrować w klasztornej kaplicy, bez udziału wiernych. Gdy gwardian odczytał mu tę decyzję, „o. Pio podniósłszy oczy ku niebu, rzekł: »Niech się dzieje wola Boga!«. Następnie zakrył oczy rękami i nawet nie westchnął”. Nigdy nie słyszano, by szemrał wobec decyzji przełożonych. Powtarzał: „Posłuszny nigdy się nie myli. Nie można podobać się Bogu i uświęcać się, nie będąc posłusznym”.