Spotkanie w Pałacu Prezydenckim odbywało się według ściśle określonego protokołu, który nie pozostawiał miejsca na przemówienia czy nieoficjalne gesty. Bez towarzystwa dziennikarzy odbywały się rozmowy Papieża z prezydentem RP w cztery oczy. Nieoficjalnie dowiedzieliśmy się później, że poruszony został m.in. temat relacji Kościół–państwo w naszym kraju. Później miała miejsce krótka modlitwa w kaplicy pałacowej. W tym czasie członkowie rządu oraz marszałkowie Sejmu i Senatu gromadzili się w Sali Hetmańskiej.

Benedykt XVI najpierw przywitał się z premierem Marcinkiewiczem oraz marszałkami Jurkiem i Borusewiczem, których przedstawiał Prezydent. W milczeniu przywitał się jeszcze z kilkoma osobami, a następnie udał się na piętro Pałacu Prezydenckiego, gdzie odbyło się spotkanie z korpusem dyplomatycznym. Pomimo że wielu polityków bardzo chciało się ustawić w pierwszym szeregu, na niewiele się to zdało, gdyż Benedykt XVI nie przywitał się z wszystkimi członkami rządu. Gdy wyszedł, członkowie ekipy watykańskiej przynieśli różańce, które zostały wręczone członkom rządu. Papież otrzymał od Prezydenta RP kopię włóczni św. Maurycego, album o powstaniu warszawskim oraz bursztynowy różaniec.

Prezydent otrzymał od niego kopię obrazu Matki Boskiej widocznej na ścianie Pałacu Apostolskiego oraz różaniec. Pytany przez nas o wrażenia ze spotkania z Ojcem Świętym, marszałek Sejmu Marek Jurek powiedział, że zawsze jest czymś niezwykłym stanąć przed Piotrem naszych czasów. – Pozdrowiłem go w języku francuskim, odpowiedział po angielsku. Jestem przekonany, że dla nas wszystkich było to wielkie przeżycie. Politykom spotkanie uświadomiło, że są sprawy znacznie ważniejsze, aniżeli te, którymi zajmują się na co dzień – dodał.

Pod wrażeniem uroku osobistego Papieża był po spotkaniu także Andrzej Krawczyk, podsekretarz stanu w Kancelarii Prezydenta RP, odpowiadający za kontakty międzynarodowe głowy państwa. – Pozostanie w mojej pamięci jego delikatny uśmiech oraz uścisk dłoni – mocny i serdeczny zarazem. Miałem wrażenie, że stoję przed człowiekiem niezwykle przyjaźnie nastawionym do ludzi.