Komisja Majątkowa działała ponad 20 lat. Biorąc pod uwagę olbrzymią skalę bezprawnego zagrabiania dóbr podmiotów kościelnych w okresie PRL oraz skrajnie represyjne metody używane przy przejmowaniu kościelnego mienia przez funkcjonariuszy SB i milicji, strona rządowa zgodziła się na specjalny tryb zwrotu mienia na drodze postępowania polubownego. Nie może być jednak mowy o uprzywilejowaniu podmiotów kościelnych w stosunku do zwykłych obywateli, bowiem mają oni prawo dochodzić zwrotu zagrabionych niezgodnie z prawem dóbr na drodze sądowej. Co więcej, postępowanie przed Komisją Majątkową uchroniło państwo od konieczności wypłacania odszkodowań znacznie większych niż wartość nieruchomości zwróconej przez Komisję.

Na przykład odszkodowanie przyznane w tym roku parafii św. Jana Jerozolimskiego w Poznaniu przez tamtejszy Sąd Okręgowy wynosi 75 mln złotych, a więc połowę całej kwoty, którą dostały podmioty kościelne w wyniku prac Komisji Majątkowej przez ponad 20 lat. Gdyby podmioty te dochodziły swoich roszczeń na drodze sądowej, prawdopodobnie państwo by zbankrutowało. Od początku prac Komisja Majątkowa napotykała trudności wynikające z obstrukcji urzędników państwowych. Komisja zwracała bowiem te same nieruchomości, które zrabowało państwo, a gdy to było niemożliwe, np. gdy były one już własnością osób trzecich – nieruchomości zamienne z zasobów Skarbu Państwa. Jednak urzędnicy tych podmiotów latami nie wykonywali orzeczeń Komisji, w efekcie zamiast planowanych 6 miesięcy pracowała ona 21 lat.

Komisji stawiany jest też zarzut o braku możliwości odwołania się od jej orzeczeń. Problem ten powstał po reformie samorządowej w 1999 r., gdy część mienia będącego przedmiotem postępowania regulacyjnego stała się własnością samorządów. Uznały one, że jako strona postępowania powinny zasiadać w Komisji albo mieć prawo do odwołania się od jej orzeczeń. Tymczasem zasada dwuinstancyjności nie dotyczy Komisji, ponieważ nie posiada ona uprawnień sądowniczych, nie jest też organem administracji publicznej, a jedynie ma charakter ciała mediacyjno-polubownego. Obecnie Trybunał Konstytucyjny rozpatruje wniosek posłów SLD, który zarzucił Komisji Majątkowej niekonstytucyjność właśnie z powodu braku postępowania odwoławczego. Trybunał ma w najbliższych dniach wydać orzeczenie w tej sprawie.

W ostatnich latach w mediach pojawiło się szereg artykułów opisujących rzekome nieprawidłowości w pracach Komisji. Zarzuty dotyczyły zaniżania ceny gruntów, korumpowania członków Komisji czy poświadczenia nieprawdy w jej orzeczeniach. Nieprawidłowościami tymi zajęła się prokuratura, która prowadzi postępowanie w trzech sprawach. Postawiła także oskarżenie o rzekome wręczenie łapówki adwokatowi Markowi P., który reprezentował kilka podmiotów kościelnych, ale członkiem Komisji nie był. W lutym tego roku zarzuty wobec Komisji sformułowało także Centralne Biuro Antykorupcyjne, twierdząc, że w 11 przypadkach mogło dojść do przestępstw, m.in. przekroczenia uprawnień i poświadczenia nieprawdy.