Celem programu jest także zapobieganie zarażeniu dzieci przez ciężarne matki. Większości zarażonych w ub. roku dzieci wirus przekazały matki. Zdaniem ekspertów, dzięki mobilizacji społeczności międzynarodowej sytuacja zarażonych dzieci ulega poprawie.

W Namibii na przykład z 6 do 30 proc. wzrosła liczba kobiet, które otrzymały leki antywirusowe zapobiegające zarażeniu noworodków. Postęp zauważono także w Afryce Południowej. W walce z AIDS u dzieci pomaga obniżanie cen leków podawanych zarażonym. Obecnie leczenie dziecka zarażonego wirusem HIV kosztuje 16 centów dziennie, a rocznie – 60 dolarów.