Ordynariusz Kordoby obawia się, że jeśli zezwoli się na modlitwę w katedrze raz w miesiącu, to za rok muzułmanie będą się chcieli modlić co tydzień, a następnie uznają kościół za miejsce kultu i nie pozwolą chrześcijanom wejść do swojej świątyni. Sprawa korzystania przez muzułmanów z katedry – dawnego meczetu ciągnie się od 2004 r.

Jeden z hiszpańskich przywódców muzułmańskich Abderrahman Muhammad Manan oświadczył, że władze powinny im „zwolnić” meczet w Kordobie. Przewodniczący Islamskiej Rady Hiszpanii Mansur Escudero w liście do ówczesnego biskupa Kordoby Juana José Asenjo Pelegriny w grudniu 2006 zapowiedział, że muzułmanie będą się modlić w tym miejscu za jego zgodą lub bez niej.

Świątynię zbudowano w VIII w., po zajęciu tej części Półwyspu Iberyjskiego przez muzułmanów, na terenie kościoła katolickiego z materiałów pochodzących ze zburzonych w czasie inwazji arabskiej świątyń chrześcijańskich.

Aż do końca X w. w meczecie mogli się modlić także chrześcijanie i żydzi. Dopiero kalif al-Mansur nakazał chrześcijanom sprzedaż terenu meczetu muzułmanom i uczynił go wyłącznie islamskim miejscem kultu. Po odzyskaniu Kordoby przez Hiszpanów meczet stał się w 1236 r. katedrą katolicką.