W miejsce Kolegium IPN ma zostać powołana 9-osobowa Rada IPN, która będzie miała większe kompetencje niż Kolegium, m.in. może rekomendować kierunki działań IPN, opiniować powoływanie i odwoływanie szefów pionów Instytutu.

Może także wnioskować o odwołanie prezesa, m.in. w przypadku odrzucenia jego rocznego sprawozdania. Przeciwko nowelizacji opowiadali się przedstawiciele PiS i współpracownicy nieżyjącego prezydenta Lecha Kaczyńskiego, którzy argumentowali, że Komorowski powinien uszanować jego wolę i skierować nowelizację do Trybunału Konstytucyjnego.

Ustawę do Trybunału zaskarżyło 150 posłów z PiS. Jednocześnie Sejm uchwalił tzw. małą nowelizację ustawy o IPN, która wprowadza zasadę, że w przypadku śmierci prezesa Instytutu jego obowiązki pełni jeden z jego zastępców, wskazany przez Marszałka Sejmu.