Przyszli nie tylko po to, aby oddać hołd kolejnej ofierze katastrofy pod Smoleńskiem, ale także zademonstrować swoje przywiązanie do idei, którym poświęcił się, kierując Instytutem. Mszy św. w kościele pw. śś. Piotra i Pawła przewodniczył kard. Stanisław Dziwisz. Wspominając prezesa IPN, powiedział, że służył on prawdzie, a ta służba z wielu powodów nie była łatwa. Ten motyw powracał również w innych wystąpieniach.

Najbardziej dobitnie wyraził to minister kultury i dziedzictwa narodowego Bogdan Zdrojewski, zresztą dobrze z nim od dawna współpracujący. – Wiem dobrze też, że w tej tragedii, w tym momencie, dość konsekwentnie powinno się pojawić wiele – zwłaszcza wobec prezesa – słów „przepraszam” – mówił.

Inni, jak wicemarszałek Senatu Zbigniew Romaszewski, podkreślali zasługi J. Kurtyki dla rozwoju IPN i polskiej historii. Szczególnie przejmująco zabrzmiały słowa starszego syna zmarłego – Pawła Kurtyki, który obiecywał, że wraz z bratem będą kroczyć drogą wytyczoną przez ojca. Planowano, że trumna Kurtyki zostanie umieszczona w jednej z bocznych krypt kościoła Świętych Piotra i Pawła.

Później plany zmieniono i prezes został pochowany w Alei Zasłużonych na cmentarzu Rakowickim. Było to powszechnie komentowane jako ostatnia już zniewaga, jakich wiele w swym życiu doświadczył prezes Kurtyka.

Uczestnicy uroczystości pogrzebowych mieli świadomość, że odbywają się one w momencie, gdy ważą się losy nowelizacji ustawy o Instytucie, wymierzonej przeciwko Januszowi Kurtyce, gdy żył. Pogrzeb był więc także demonstracją za zachowaniem jego dziedzictwa w instytucji, którą z takim sukcesem kierował przez ostatnie 5 lat.