Generał Kiszczak jest oskarżany, że umyślnie sprowadził „powszechne niebezpieczeństwo dla życia i zdrowia ludzi”, wysyłając 13 grudnia 1981 r. szyfrogram do jednostek milicji, mających m.in. pacyfikować zakłady strajkujące po wprowadzeniu stanu wojennego.

Według prokuratury, ówczesny szef MSW przekazał w tym szyfrogramie dowódcom „oddziałów zwartych” MO swe uprawnienia do wydania rozkazu użycia broni przez te oddziały. Stało się to podstawą działań plutonu specjalnego ZOMO, który 15 i 16 grudnia strzelał w kopalniach „Manifest Lipcowy” i „Wujek”. Kiszczakowi grozi do 10 lat więzienia.

Proces gen. Kiszczaka trwa od 1994 r. W 1996 r. uniewinniono go, a w 2004 r. skazano na 2 lata więzienia w zawieszeniu. Oba wyroki uchylił Sąd Apelacyjny. Sprawę Kiszczaka wyłączono w 1993 r., z powodu złego stanu jego zdrowia, z katowickiego procesu zomowców spod „Wujka”, w którym zapadł już prawomocny wyrok skazujący. To niejedyny proces związany z gen. Kiszczakiem.

Od 2008 roku przed Sądem Okręgowym w Warszawie toczy się proces autorów stanu wojennego, w którym Kiszczak jest oskarżony o udział w „zorganizowanym związku przestępczym o charakterze zbrojnym”, za co grozi do 8 lat więzienia. Kiszczak został także uznany za winnego w dwóch innych procesach: zwolnienia milicjantów za posłanie córki do Pierwszej Komunii św. i zawarcie ślubu kościelnego.