Wyniki wyborów zakwestionował lider opozycji Mir Hosejn Musawi (dostał ok. 33 proc. głosów). Skala powyborczych niepokojów i zamieszek w kraju była tak silna, że ajatollah Ali Chamenei oświadczył, że zostanie wszczęte śledztwo, które ma stwierdzić, czy rzeczywiście doszło do fałszerstw wyborczych.

Jednak to nie prezydent, wybierany w wyborach bezpośrednich, jest najważniejszym urzędem w Iranie. Najwyższego przywódcę, głowę Republiki Islamskiej, wybiera bowiem składająca się z 96 duchownych Rada Ekspertów. Obecnie urząd głowy Republiki Islamskiej sprawuje ajatollah Ali Chamenei. On mianuje członków Sądu Najwyższego, połowę z 12-osobowej Rady Strażników, naczelnego dowódcę sił zbrojnych, szefów radia i telewizji. Istotną rolę odgrywa także Rada Strażników, pełniąca rolę Trybunału Konstytucyjnego.

Wybory w Iranie miały dlatego tak wielkie znaczenie, że przybrały charakter plebiscytu, w którym obywatele nie tylko wypowiadali, kto będzie prezydentem kraju, ale także decydowali o dalszym kierunku rozwoju jednego z najważniejszych krajów islamskich świata, liczącego blisko 70 mln ludności.

Mahmud Ahmadineżad, który zwyciężył po raz drugi, a wcześniej był burmistrzem Teheranu, wzbudzał niepokój zachodniej opinii publicznej swymi wypowiedziami m.in. kwestionującymi prawo do istnienia państwa Izrael, a także negującymi rozmiary zagłady Żydów w czasie II wojny światowej. Jeszcze bardziej od wojowniczej antyzachodniej retoryki Ahmadineżada zachodnich przywódców niepokoił rozwój irańskiego programu nuklearnego oraz modernizacji armii, a także wsparcie dla radykalnych ruchów islamskich na Bliskim Wschodzie.

Jego rywal Musawi proponował model społeczeństwa bardziej otwartego, także na kontakty z Zachodem. Jedną w ważnych kwestii podnoszonych w trakcie tych wyborów były prawa kobiet. Od kwietnia 1979 r., kiedy Irańczycy pod wodzą ajatollaha Chomeninego obalili rządy dynastii Pahlawi i utworzyli Islamską Republikę Iranu, kraj ten znajduje się w centrum światowej opinii. Jest to warunkowane geopolitycznym położeniem Iranu na Bliskim Wschodzie, jego potencjałem ludnościowym, a przede wszystkim wyzwaniem, jakie rzucił zachodniej cywilizacji, wskazując na możliwość budowy alternatywnego społeczeństwa, w którym decydującą rolę modernizacyjną odgrywałaby islam.