Na początku swej krytycznoliterackiej drogi zajmował się poezją. W środowisku literackim silniejszy odzew wywołał jednak tom „Zmiana warty” z 1961 roku, w którym na przykładzie prozy Błoński opisał przełom związany z polskim Październikiem.

Później zasłynął jako interpretator dzieł klasyków XX wieku: Prousta, Becketta, Witkacego, Gombrowicza, Miłosza czy Mrożka. Wreszcie w 1987 roku dał się poznać jako autor kontrowersyjnego eseju „Biedni Polacy patrzą na getto”. Esej ów zainicjował dyskusję nad problemem polskiej odpowiedzialności moralnej w obliczu Holocaustu.

Jan Błoński był literaturoznawcą o rozległych zainteresowaniach. Kluczem do jego warsztatu jest tytuł jednego z esejów – „Romans z tekstem”. „Tekst nie czytany, nie kochany (lub nie drażniący!) przestaje się mienić znaczeniami. Traci smak, blask, głębię, przestaje opalizować i wieloznaczyć” – pisał Błoński. „Czyżby więc badacz nie powinien wstydzić się swoich łez? Powiedzmy raczej, że powinien obcierać je ukradkiem… Człowiek we łzach widzi źle, ale człowiek bez serca nie widzi nic”.