Punktem wyjścia dla obecnej dyskusji był krótki zapis w książce dr. Sławomira Cenckiewicza pt. „Sprawa Lecha Wałęsy”, informujący, że abp Józef Życiński był w latach 1977–1990 zarejestrowany pod numerem 1263 przez Wydział IV KW MO w Częstochowie jako tajny współpracownik o pseudonimie „Filozof”. Materiały archiwalne tej sprawy zniszczono. „Filozofa” miał pozyskać naczelnik Wydziału IV ppłk Alojzy Perliceusz, a jego kolejnymi oficerami prowadzącymi byli kpt. Stanisław Boczek (1978–1984) i por. Zbigniew Kalota (od 1984). Z zachowanych akt lokalu kontaktowego SB o krypt. „Wanda” (ul. Józefitów 15/7 w Krakowie) wynika, że miały się tam odbywać spotkania ze współpracownikiem o pseudonimie „Filozof”.

Nie wiem, jak wyglądały kontakty ks. Życińskiego z funkcjonariuszami SB. On sam mówił, że rozmawiał z nimi głównie przy okazji starania się o paszport i nigdy nie wyrażał zgody, aby traktowano go jako tajnego współpracownika. Miał także problemy, kiedy wracając ze stypendium naukowego z Londynu, był poddany osobistej rewizji i zostały mu zabrane książki oraz maszynopisy. W trakcie odzyskiwania tych materiałów kontaktował się z jednym z wymienionych w notatce oficerów. Potwierdzam natomiast, że abp Życiński, gdy w 2006 r. dowiedział się o plotkach krążących na jego temat, zwrócił się do mnie jako historyka i ówczesnego szefa Kolegium IPN z prośbą o przebadanie dostępnej w Instytucie dokumentacji na swój temat.

Upoważnił mnie także pisemnie do opublikowania znalezionej dokumentacji w wydawnictwach IPN. Wiedział również i zaakceptował moją decyzję, że w tej sprawie pisemnie poprosiłem o pomoc najlepszego specjalistę w tej dziedzinie dr. Piotra Gontarczyka. Chodziło o to, aby kwerenda została przeprowadzona w sposób niebudzący wątpliwości, że chodzi o ustalenie prawdy, a nie krycie kogokolwiek. Wydaje mi się, że informacja z książki Cenckiewicza opiera się na ustaleniach poczynionych przez Gontarczyka. Rezultaty jego wstępnych badań zostały, za moją sugestią, przekazane powstałej w tym czasie Kościelnej Komisji Historycznej. Uznałem, że skoro powstała oficjalna instytucja kościelna, nie ma potrzeby, aby ta sprawa była wyjaśniana przez osoby prywatne.

Odnosząc się do opublikowanych materiałów, mogę stwierdzić, że nie ulega wątpliwości, że ks. Józef Życiński był w latach 1977–1990 zarejestrowany w ewidencji SB jako tajny współpracownik o pseudonimie „Filozof”. W żaden sposób nie przesądza to, czy ta rejestracja odbyła się za zgodą samego arcybiskupa oraz jaki charakter miały spotkania duchownego z oficerami SB. Znając orzecznictwo sądów lustracyjnych oraz definicję tajnej współpracy określoną przez Trybunał Konstytucyjny sądzę, że na podstawie jedynie tych materiałów przypadek abp. Życińskiego nie zostałby zakwalifikowany jako świadoma i tajna współpraca z organami bezpieczeństwa PRL. Oczywiście pozostają wątpliwości oraz różne możliwości interpretacji tej i wielu podobnych spraw, gdzie zniszczone zostały zasadnicze dokumenty. Powinna je wyjaśnić Kościelna Komisja Historyczna, a wyniki badań przekazać opinii publicznej.