19 grudnia. „Gazeta Polska” zapowiada, że opublikuje artykuł ujawniający szczegóły współpracy bp. Wielgusa z SB. Biskup odrzuca zarzuty i zdecydowanie zaprzecza, że kiedykolwiek podjął jakąkolwiek współpracę z komunistyczną bezpieką. Przyznaje, że rozmawiał z funkcjonariuszami SB, którzy usiłowali nakłonić go do współpracy, ale nigdy jej nie podjął. „Gdy jechałem do Niemiec na stypendium naukowe, to musiałem napisać dokładnie, co będę robić w tym kraju i z jakich materiałów archiwalnych, jako historyk, pragnę tam skorzystać. Napisałem więc w jakich bibliotekach będę pracować i z jakich rękopisów będę korzystać. Podpisałem też oświadczenie – bo taki był wymóg – że nie będę podejmować żadnych działań przeciwko Polsce Ludowej” – wyjaśnia. „Nie wiem, co zostało zapisane przez funkcjonariuszy z SB i tych akt nie sprawdzałem” – dodaje. Kuria w Płocku wydaje oświadczenie, w którym odrzuca oskarżenia wobec arcybiskupa.

20 grudnia. Sekretarz Episkopatu bp Piotr Libera deklaruje, że Kościelna Komisja Historyczna zbada dokumenty dotyczące abp. Wielgusa, zgromadzone przez IPN, jeśli arcybiskup wyrazi na to zgodę.
Solidarność z abp. Wielgusem wyrażają w oświadczeniach Senat KUL i Konferencja Wyższych Przełożonych Zakonów Męskich w Polsce.

23 grudnia. Biskupi i kapłani diecezji warszawsko-praskiej wydają odezwę, w której bronią abp. Wielgusa i krytykują media, oskarżając je o atakowanie Kościoła.

24 grudnia. Solidarność z nowym metropolitą warszawskim deklarują księża archidiecezji warszawskiej.

29 grudnia. Abp Wielgus zwraca się do wiernych, duchowieństwa i osób konsekrowanych archidiecezji warszawskiej w specjalnym liście, przeznaczonym do odczytania w kościołach archidiecezji podczas wszystkich Mszy św. w dniu ingresu 7 stycznia. „Rolą Kościoła jest wzywać ludzi do modlitwy i przestrzegać ich przed nienawiścią, zemstą, oszczerstwami i pomówieniami rujnującymi życie atakowanych osób” – pisze w nim.

30 grudnia. Abp Wielgus zapowiada, że zwróci się do Kościelnej Komisji Historycznej z prośbą o zbadanie dokumentów na jego temat znajdujących się w IPN.

31 grudnia. Abp Wielgus żegna się z diecezją płocką, którą przez 7 lat kierował jako ordynariusz.

2 stycznia. W rozmowie z KAI arcybiskup po raz kolejny zapewnia, że na nikogo nie donosił SB.
Kwerendę materiałów IPN dotyczących ks. Wielgusa rozpoczyna trzyosobowy zespół powołany przez Rzecznika Praw Obywatelskich na wniosek grupy senatorów.
Wieczorem arcybiskup spotyka się z przewodniczącym Kościelnej Komisji Historycznej prof. Wojciechem Łączkowskim i prosi o zbadanie IPN-owskich materiałów na swój temat.

4 stycznia. Po zapoznaniu się z dokumentami IPN Kościelna Komisja Historyczna przygotowuje sprawozdanie ze swojej pracy, które następnie przekazuje abp. Wielgusowi.
Na podstawie sprawozdania zespołu badającego teczki abp. Wielgusa Rzecznik Praw Obywatelskich wyda- je oświadczenie, w któ- rym informuje, że w świetle dostępnych dokumentów nie ma wątpliwości, iż ks. Stanisław Wielgus w latach 1973–1978 prowadził świadomą i tajną współpracę z SB.

5 stycznia. O zawartości akt dotyczących ks. Wielgusa informuje Kościelna Komisja Historyczna. „Istnieją liczne, istotne dokumenty potwierdzające gotowość świadomej i tajnej współpracy ks. Stanisława Wielgusa z organami bezpieczeństwa PRL. Z dokumentów wynika również, że została ona podjęta. Współpraca z SB była zakazana przez Episkopat. W dokumentacji IPN zachowały się opinie funkcjonariuszy wywiadu PRL odnoszące się do materiałów SB, które pośrednio wskazują, że działalność ks. Stanisława Wielgusa w środowisku lubelskim mogła wyrządzić szkody różnym osobom z kręgu Kościoła. Natomiast jeśli chodzi o współpracę z wywiadem PRL, analiza dokumentów nie pozwala jednoznacznie stwierdzić, że ks. Stanisław Wielgus wyrządził komukolwiek szkodę” – głosi komunikat Komisji.

Abp Wielgus odpowiada na ujawnione w komunikacie Komisji Historycznej fakty. W swoim oświadczeniu pisze m.in.: „Z przedstawionych w materiałach relacji wynika, że przypisano mi różne złe intencje i złe postawy w stosunku do Kościoła. Jest to fałsz. Nie istnieje żadna dowodząca tego dokumentacja, poza słowami funkcjonariusza, który po swojemu widział moją osobę i całą sprawę. Nigdy nie zdradziłem Chrystusa i Jego Kościoła, ani w czynach, ani w słowach, ani w intencjach. Nigdy nie wyrządziłem nikomu żadnej krzywdy swoimi czynami czy słowami. Nie chcę się usprawiedliwiać. Wiem, że nie powinienem utrzymywać żadnych relacji ze służbami PRL. Żałuję tego bardzo, że w ogóle podjąłem wyjazdy zagraniczne, które te kontakty spowodowały. Wydawało mi się jednak wówczas, że moim obowiązkiem jest prowadzenie wartościowych badań naukowych i kształcenie się dla dobra Kościoła”. O godz. 16.00 w domu arcybiskupów warszawskich abp Stanisław Wielgus obejmuje kanonicznie archidiecezję warszawską.

Wieczorem wydaje odezwę do wiernych, w której wyraża skruchę i przeprasza, że skrzywdził Kościół, gdy uwikłał się we współpracę z SB oraz gdy niezgodnie z prawdą zaprzeczał tej współpracy.

„Staję dziś przed progiem katedry warszawskiej z ciężkim dylematem sumienia, który w ostatnich dniach stał się nie tylko dla mnie, lecz i dla Was wielką próbą. (...) Przedstawiłem też Ojcu Świętemu i odpowiednim dykasteriom Stolicy Apostolskiej moją drogę życiową wraz z tą częścią mojej przeszłości, którą stanowiło uwikłanie w kontakty z ówczesnymi służbami bezpieczeństwa, działającymi w warunkach totalitarnego i wrogiego Kościołowi państwa.

Powodowany pragnieniem odbycia ważnych dla mojej specjalności naukowej studiów, wszedłem w te uwikłania bez należytej roztropności, odwagi oraz zdecydowania do ich zerwania. Wyznaję dziś przed Wami ten popełniony przeze mnie przed laty błąd, tak jak wyznałem go już wcześniej Ojcu Świętemu. (...)

Nie wiem czy przekazane mi przez Komisję Historyczną dokumenty są jedyne, czy pojawią się jeszcze inne, ale dziś z całym przekonaniem stwierdzam, że nie donosiłem na nikogo ani nikogo nie starałem się skrzywdzić. Samym faktem tego uwikłania skrzywdziłem jednak Kościół. Skrzywdziłem go ponownie, kiedy w ostatnich dniach w obliczu rozgorączkowanej kampanii medialnej zaprzeczyłem faktom tej współpracy.

Wystawiło to na szwank wiarygodność wypowiedzi ludzi Kościoła, w tym również solidaryzujących się ze mną Księży Biskupów. Wiem, że dla wielu z Was, Bracia i Siostry, to minięcie się z prawdą stanowi fakt nie mniej bolesny, niż tamto uwikłanie się sprzed wielu lat. (...) Jeśli mnie przyjmiecie, o co ze skruszonym sercem Was proszę, będę bratem wśród Was, który chce jednoczyć, a nie dzielić, modlić się i jednać ludzi w Kościele, Kościele świętych i grzeszników, który my wszyscy stanowimy”.

7 stycznia. Krótko przed planowaną godziną ingresu Nuncjatura Apostolska ogłasza komunikat o tym, że abp Stanisław Wielgus zrezygnował z urzędu arcybiskupa warszawskiego: „Nuncjatura Apostolska w Polsce niniejszym urzędowo zawiadamia, że ks. abp Stanisław Wielgus, arcybiskup metropolita warszawski, w dniu przewidzianego ingresu do bazyliki katedralnej i rozpoczęcia posługi duszpasterskiej w Kościele Warszawskim, złożył rezygnację ze swojego urzędu na ręce Ojca Świętego Benedykta XVI, zgodnie z przepisami kan. 401 § 2 Kodeksu Prawa Kanonicznego.

Ojciec Święty przyjął rezygnację ks. abp. Stanisława Wielgusa i powierzył ks. kard. Józefowi Glempowi, Prymasowi Polski, pełnienie funkcji administratora archidiecezji warszawskiej do czasu podjęcia dalszych decyzji”. Kan. 401 par. 2 Kodeksu Prawa Kanonicznego brzmi: „Usilnie prosi się biskupa diecezjalnego, który z powodu choroby lub innej poważnej przyczyny nie może w sposób właściwy wypełniać swojego urzędu, by przedłożył rezygnację z urzędu”.

W czasie Mszy w archikatedrze abp Wielgus informuje wiernych, że złożył rezygnację z funkcji arcybiskupa warszawskiego. „Po dogłębnej refleksji i ocenie mojej osobistej sytuacji zgodnie z kanonem 401 par. 2 Kodeksu Prawa Kanonicznego składam na ręce Waszej Świątobliwości rezygnację z urzędu arcybiskupa metropolity warszawskiego” – cytuje list, który wysłał do Papieża.

Kilka godzin później oświadczenie wydaje rzecznik prasowy Stolicy Apostolskiej, o. Federico Lombardi. Pisze w nim: „Postawa abp. Wielgusa w minionych latach reżimu komunistycznego w Polsce poważnie wystawiła na szwank jego autorytet, także wśród wiernych. Dlatego, mimo jego pokornej i wzruszającej prośby o przebaczenie, rezygnacja z posługi w Warszawie i jej szybkie przyjęcie przez Ojca Świętego wydało się stosownym rozwiązaniem, aby stawić czoła dezorientacji, do której doszło w tym kraju”.

Głos zabiera także Prezydium Konferencji Episkopatu Polski. „Kościół w Polsce potrzebuje dzisiaj pokornego spojrzenia w prawdzie na swoją przeszłość, teraźniejszość i przyszłość. Abp Wielgus dobrowolnie złożył rezygnację z powierzonego mu urzędu ze względu na poważne oskarżenia wysuwane pod jego adresem. Za tę decyzję o rezygnacji, będącą świadectwem troski o dobro Kościoła, należą się słowa uznania. Także decyzja Ojca Świętego Benedykta XVI o przyjęciu tej rezygnacji była wyrazem zatroskania o spokojną pracę duszpasterską Kościoła w Polsce” – piszą w swoim oświadczeniu abp J. Michalik, abp S. Gądecki i bp P. Libera.