Kapłan wyraził ubolewanie „z powodu braku roztropności w przeszłości”. Wiarygodność ujawnionych materiałów potwierdził dyrektor pionu edukacji Instytutu dr Jan Żaryn. Akta dotyczące ks. Czajkowskiego znajdują się w IPN pod numerem 00169/83. Wynika z nich, że ksiądz współpracował z SB w latach 1960–1984 pod pseudonimem Jankowski. Od końca lat 70. jego oficerem prowadzącym był Adam Pietruszka, który kierował zamordowaniem ks. Popiełuszki. Z akt wynika też, że ks. Czajkowski zrezygnował ze współpracy zaraz po zamordowaniu kapelana „Solidarności”.

Oburzenie sposobem podania wiadomości o domniemanej współpracy ks. Michała Czajkowskiego SB przez niektóre gazety wyraziła Rada Etyki Mediów w oświadczeniu wydanym 18 maja. Napisano w nim m.in.: „Niezależnie od tego czy i w jakim stopniu oskarżenia pod adresem ks. Czajkowskiego okażą się prawdziwe, pisanie o sprawie ważnej dla zbiorowej pamięci, a bolesnej dla większości Polaków w tonie sensacji, używanie obraźliwych epitetów i określeń jednoznacznie przesądzających, jest szkodliwe społecznie.

Narusza zapisaną w Karcie Etycznej Mediów zasadę kierowania się dobrem odbiorcy i podstawowe normy kultury społecznego komunikowania”. 21 maja podano do wiadomości, że ks. Czajkowski zrezygnował z pełnionej od lat funkcji asystenta kościelnego miesięcznika „Więź”.