Pomoc tę otrzymało około miliona osób.
Środki finansowe pochodzą z funduszy zagranicznych, w tym ze środków przekazanych przez rząd RFN, rząd Republiki Austrii, ze środków Szwajcarskiego Funduszu na Rzecz Potrzebujących Ofiar Holokaustu. W tym okresie Fundacja wypłaciła również z własnych środków świadczenia finansowe niektórym grupom ofiar niemieckiego nazizmu, do których nie były adresowane środki zagraniczne, m.in. osobom, które jako dzieci do lat 16 pracowały przymusowo na rzecz III Rzeszy w miejscu zamieszkania.
Do 30 września 2006 r. Fundacja realizuje wypłaty dla niektórych grup ofiar prześladowań nazistowskich ze środków niemieckiej Fundacji „Pamięć, Odpowiedzialność i Przyszłość”. Na bieżąco prowadzi także programy pomocy humanitarno-socjalnej dla szczególnie pokrzywdzonych ofiar nazizmu, o charakterze finansującym, refinansującym i rzeczowym (zasady udzielania pomocy humanitarnej patrz: www.fpnp.pl). Do zadań statutowych Fundacji należy również prowadzenie działań edukacyjno-informacyjnych i badawczych dla upowszechniania prawdy historycznej o II wojnie światowej oraz działanie na rzecz pojednania polsko-niemieckiego, które jest realizowane poprzez wystawy, konkursy, spotkania z młodzieżą i działalność wydawniczą.

W okresie od stycznia do maja 2006 r., w ramach kontynuacji wypłat dla ofiar niemieckiego nazizmu, Fundacja „Polsko-Niemieckie Pojednanie” przekazała świadczenia ze środków niemieckiej Fundacji „Pamięć, Odpowiedzialność i Przyszłość” dla ponad 30 tys. osób uprawnionych. Dla kolejnych blisko 23 tys. osób, znajdujących się w szczególnie trudnej sytuacji życiowej, FPNP przyznała pomoc humanitarno-socjalną na łączną sumę ponad 10 mln zł. Ponadto w ramach realizacji celów statutowych Fundacja „Polsko-Niemieckie Pojednanie” m.in.:

* rozpoczęła realizację programu pomocy humanitarnej dla szczególnie pokrzywdzonych ofiar niemieckiego nazizmu, polegającego na zorganizowaniu i sfinansowaniu operacji wszczepienia endoprotez stawu biodrowego i kolanowego oraz pobytu w sanatorium i rehabilitacji. Wysokość udostępnionych na program środków zagranicznych: 818 tys. euro (ponad 3 mln zł),

* wynegocjowała zgodę strony niemieckiej i wypłaca dodatkowe świadczenia dla ok. 21 tys. osób więzionych w obozach przejściowych (podwyższenie wypłaty per capita o sumę 550 zł),

* podjęła ponowny przegląd spraw (ok. 13 tys.), w których w latach 2002–2006 odmówiła wnioskodawcom przyznania świadczenia za prześladowania nazistowskie ze względów formalnych (brak wymaganej przez stronę niemiecką dokumentacji potwierdzającej prześladowania). Opierając się na pozyskanych dodatkowo dokumentach archiwalnych, Fundacja zmieniła w okresie do maja 2006 r. swoje negatywne decyzje i uruchomiła wypłaty dla 500 osób. Weryfikacja pozostałych starych decyzji trwa nadal. Środki na wypłaty pochodzą m.in. z wygospodarowanych przez Fundację oszczędności w funduszu administracyjnym (ponad 670 tys. euro, tj. ponad 2,5 mln zł),

* podjęła działania w celu uzyskania zewnętrznych środków finansowych na aktywność statutową o charakterze informacyjno-edukacyjnym i naukowo-badawczym. W marcu i kwietniu 2006 r. przygotowano i złożono 8 projektów z wnioskiem o ich dofinansowanie na sumę 1 760 829,85 zł.