Mistrz się spieszył. Tracił siły, ataki gorączki były coraz silniejsze. Zrozumiał, że „Przemienienie Pańskie”, obraz, nad którym właśnie pracował na zamówienie kard. Giulia de’ ­Medici, może się stać jego duchowym testamentem. Już wcześniej podzielił kompozycję na dwie strefy. U góry Jezus objawia się jako Bóg w obecności Mojżesza, Eliasza i trzech wybranych uczniów. Na dole pozostali apostołowie bezskutecznie próbują wypędzić złego ducha z opętanego chłopca, którego im przyprowadzono. Jezus powie później, że zabrakło im wiary. Dwaj z nich wskazują jednak rozwiązanie. Pokazują na górę obrazu, gdzie znajduje się Jezus. Rafael „ubrał” ich w czerwone szaty, by zwrócić na nich naszą uwagę. To jest bowiem klucz do odczytania znaczenia dzieła. Nic nie uda się nam bez Jezusa, sami sobie nie poradzimy, tylko w Nim nadzieja.

Historycy sztuki analizujący obraz rzadko zwracali uwagę na dwie niepozorne postacie namalowane z lewej strony u góry. Nie wspominają o nich Ewangelie opisujące Przemienienie. Tłumaczono więc, że to święci Justus i Pastor, patroni katedry w Narbonne (Francja), gdzie miał zawisnąć obraz. Nie jest to jednak możliwe, bo Justus i Pastor, zwani małymi męczennikami, mieli w chwili śmierci 13 (Justus) i 9 (Pastor) lat. Inni twierdzą, że to święci Felicissimus i Agapit, którzy ponieśli męczeńską śmierć 6 sierpnia, w święto Przemienienia. A może to po prostu dwaj anonimowi święci, którzy jako zmarli mogą już kontemplować z bliska oblicze Boga? Jeden z nich, ten drugi z lewej, składający ręce do modlitwy, ma twarz podobną do samego Rafaela. Może artysta, malując ich, myślał także o sobie? Wszak „Przemienienie” zawieszono przed pogrzebem przy jego zwłokach. Takie było życzenie artysty.