W niespełna pół wieku, dzięki przybyciu do Japonii w 1549 r. św. Franciszka Ksawerego i jego następców, wiarę Chrystusową przyjęło ok. 200 tys. osób w różnych częściach kraju. Wkrótce jednak rozpoczęły się prześladowania chrześcijan. Dopiero od 1873 r. mogli oni swobodnie wyznawać swoją wiarę. W 1889 r. japońska konstytucja formalnie zagwarantowała mieszkańcom kraju wolność wyznawania religii. Obecnie w Japonii chrześcijan jest niewielu. Katolicy, wśród nich wielu obcokrajowców, stanowią ok. 0,3 proc., a wszyscy chrześcijanie 0,5 proc. mieszkańców kraju. Jednak kilku japońskich katolików odegrało ważną rolę w historii tego państwa.

Najbardziej znanym z nich jest Shirō Amakusa, który trafił nawet do japońskiej popkultury. Dowodem jego popularności jest licznie odwiedzane Chrześcijańskie Muzeum Amakusa znajdujące się na terenie prefektury Kumamoto. Do najciekawszych wystawianych tu zabytków należy bojowa flaga używana przez Shirō w czasie powstania na półwyspie Shimabara w 1637 r. O zaciekłości walk świadczą widoczne na niej krwawe plamy i ślady po kulach. Muzeum posiada również bogatą kolekcję różańców i krzyży przywiezionych do Japonii przez misjonarzy pod koniec XVI w. Znajdziemy w nim także tzw. fumi-e, czyli podobizny Jezusa lub Maryi, które władze szogunatu Tokugawa kazały deptać podejrzanym o wyznawanie chrześcijaństwa. Tych, którzy tego nie zrobili, czekała okrutna śmierć.