Jego książka „Episkopat Polski wobec stosunków Kościół–państwo i rzeczywistości społeczno-politycznej PRL 1970–1989” jest podsumowaniem wielu lat badań oraz rozległych kwerend archiwalnych. Oprócz archiwów państwowych Rafał Łatka przebadał także archiwa kościelne, a przede wszystkim zbiory Konferencji Episkopatu Polski i Sekretariatu Prymasa, które w tej skali nie były dotąd przez historyków wykorzystane. W efekcie udało mu się stworzyć interesujący portret zbiorowy Episkopatu Polski z polityką w tle.

Kościół katolicki w czasach komunistycznych był głównym przeciwnikiem ideowym komunistów oraz duchowym przewodnikiem narodu, choć jednocześnie musiał stale prowadzić grę z władzami. Krytykę reżimu biskupi miarkowali więc ostrożnie, mocniej wypowiadając się jedynie w sprawach ściśle kościelnych. Rafał Łatka podkreśla, że w omawianym okresie Kościół nie próbował być alternatywną siłą polityczną. Raczej godził się na współżycie z systemem, a jeśli był w konfrontacji z państwem, to dlatego, że było ono motywowane ideologicznie i dążyło do ateizacji społeczeństwa.

Prymas i inni