Nie wiemy za dużo o jej wczesnym życiu. Urodziła się 17 grudnia 1913 r. w rodzinie Johna Adama Kellera i Catherine Josephine (z domu Sullivan) w Cleveland w stanie Ohio. W 1932 r. wstąpiła do Zakonu Sióstr Miłosierdzia Najświętszej Maryi Panny w Dubuque w stanie Iowa, a w 1940 r. złożyła śluby zakonne. Następnie rozpoczęła karierę akademicką w Chicago. Ukończyła studia magisterskie z matematyki i fizyki w DePaul University w 1953 roku.

W 1958 r. Keller rozpoczęła pracę w warsztacie National Science Foundation w centrum informatycznym w Dartmouth College - placówce, która przyjmowała wyłącznie mężczyzn [!]. Wraz z Johnem G. Kemenym i Thomasem E. Kurtzem opracowała język programowania BASIC, w który kilka lat później zainwestował Microsoft.

W trakcie studiów Keller była powiązana z kilkoma innymi prestiżowymi uczelniami, w tym University of Michigan i Purdue. Siostra Keller ostatecznie uzyskała tytuł doktora w dziedzinie informatyki na Uniwersytecie Wisconsin-Madison w 1965 r. Była pierwszą kobietą w Stanach Zjednoczonych, która go otrzymała. Jej praca nosiła tytuł: "Inductive Inference on Computer Generated Patterns".

Keller utworzyła wydział informatyki w Clarke College, katolickim college'u dla kobiet założonym przez siostry Miłosierdzia Najświętszej Maryi Panny. Prowadziła go przez 20 lat. Zależało jej, by kobiety angażowały się w informatykę. Była znana na przykład z tego, że wspierała matki pracujące, a nawet zachęcała je, aby zabierały ze sobą na zajęcia swoje dzieci.

Opowiadała się za wykorzystaniem komputerów w edukacji. Przewidziała również znaczenie komputerów w bibliotekach, mówiła: „Funkcja wyszukiwania informacji sprawi, że będzie to centrum bibliotek jutra”.

Na jej cześć Clarke University (wcześniej Clarke College) ufundował stypendium Mary Kenneth Keller Computer Science Scholarship i utworzył centrum jej imienia, które zapewnia komputerowe i telekomunikacyjne wsparcie dla studentów, wykładowców i pracowników tej uczelni.

Siostra Keller zmarła 10 stycznia 1985 r. Miała 71 lat.