Urodził się 28 października 1510 r. w Gandii koło Walencji, w jednym z najznakomitszych hiszpańskich rodów Borgiów. Był pierwszym dzieckiem księcia Gandii i Joanny Aragońskiej. 

Od dzieciństwa marzył o życiu zakonnym, ale ojciec wysłał go na dwór cesarza Karola V. Tam poznał swoją przyszłą żonę Eleonorę, z którą miała ośmioro dzieci. Po jej śmierci, w 1548 roku postanowił spełnić swoje marzenie i wstąpić do jezuitów. 

Mówi o. Stanisław Tasiemski, dominikanin. 

Franciszek zmarł w Rzymie 1 października 1572 r. w wieku 62 lat. Pozostawił po sobie wiele pism filozoficznych. Jego relikwie zostały przeniesione z Ferrary do kościoła jezuitów w Madrycie w 1901 roku. 

Został beatyfikowany przez papieża Urbana III 23 listopada 1624 r., a kanonizowany przez Klemensa X 20 czerwca 1670 r. Jest patronem Portugalii. 

W ikonografii jego atrybutem jest często czaszka w diademie. 

Warto dodać, że do czasu kanonizacji św. Jana z Dukli (1997 rok) 3 października przypadało jego wspomnienie. Zostało ono przeniesione na dzień 8 lipca.