W czasie procesu zabójców ks. Popiełuszki zostały pominięte te wątki śledztwa, które mogłyby kierować podejrzenia na mocodawców sprawców mordu. Taki wniosek można sformułować na podstawie najnowszej publikacji Instytutu Pamięci Narodowej pt. „Aparat represji wobec księdza Jerzego Popiełuszki 1984, tom II”. Praca dotyczy jednego aspektu: śledztwa w sprawie uprowadzenia i zabójstwa kapłana. (Tom pierwszy z 2009 r. ukazywał działania SB wobec ks. Popiełuszki przed jego zabójstwem). Publikacja, która ukaże się na dniach, zawiera 193 protokoły przesłuchań świadków i oskarżonych oraz 5 innych dokumentów powstałych w czasie tego dochodzenia. Ich fragmenty były znane wcześniej, zostały bowiem odczytane w trakcie procesu toruńskiego i częściowo przytoczone w książkach dotyczących samego procesu. Obecna publikacja IPN stanowi kompletny zbiór całych dokumentów powstałych w czasie śledztwa (z pominięciem adresów i danych osobowych). Materiały zostały opatrzone przypisami i biogramami funkcjonariuszy MSW, prokuratorów i innych osób zaangażowanych w dochodzenie. Choć praca ma charakter naukowy, to dla osób zainteresowanych poznaniem prawdy o zabójstwie ks. Jerzego będzie ważną pozycją, gdyż ukazuje przebieg procesu śledczego w tej sprawie.

Priorytetowe śledztwo

W realiach PRL niemożliwe było, aby bezpośredni sprawcy zabójstwa ks. Jerzego działali z własnej inicjatywy, bez rozkazu i wiedzy przełożonych. I choć właśnie mija 30. rocznica tej zbrodni, wciąż nie udało się pociągnąć do odpowiedzialności osób, które wydały rozkaz: „Zabić księdza”. Wśród wielu wątków, jakie pokazują protokoły przesłuchań, na uwagę zasługuje sprawa sterowania śledztwem, aby nie ujawnić udziału w morderstwie władz PRL. Dokumenty wskazują, że takie działania w trakcie postępowania podjęto, co jest potwierdzeniem, że za zabójstwem ks. Jerzego stało ówczesne kierownictwo państwa.