W swej analizie zwraca uwagę, że zgodnie z prawem polskim oraz standardami Europejskiej Konwencji Praw Człowieka, sposób wstępowania do i opuszczania wspólnoty religijnej jest regulowany przez prawo wewnętrzne tej wspólnoty. Dlatego GIODO nie ma kompetencji w zakresie przetwarzania danych członków wspólnoty wyznaniowej przez jej organy. Potwierdził to w swoim orzecznictwie Naczelny Sąd Administracyjny, nakazując GIODO badać, czy osoby, domagające się usunięcia ich danych z ksiąg parafialnych, wyraziły wolę wystąpienia z Kościoła skutecznie, czyli zgodnie z obowiązującymi w tej mierze wewnętrznymi unormowaniami wspólnoty. NSA zastrzegł jedynie, że w świetle konstytucyjnych gwarancji wolności sumienia, unormowania te nie mogą faktycznie uniemożliwiać apostazji.

Członkowie Kościoła katolickiego mogą dokonać aktu apostazji w formie własnoręcznego oświadczenia przekazanego osobiście proboszczowi miejsca zamieszkania w obecności dwóch pełnoletnich świadków. Osoby wszczynające postępowanie przed GIODO nie dochowywały tej formy. Są to analogiczne wymogi do tych, które towarzyszą włączaniu nowego członka wspólnoty (osobiste stawiennictwo i dwóch świadków). GIODO jednak bezpodstawnie założył, że wszelkie wymogi formalne, dotyczące sposobu opuszczania wspólnoty religijnej, stanowią nadmierne ograniczenie wolności sumienia i zaczął nakazywać proboszczom usuwanie z ksiąg parafialnych danych osób, które nieskutecznie usiłowały dokonać apostazji. Począwszy od stycznia do września 2014 r. GIODO postąpił tak w aż 55 w przypadkach.

Praktyka administracyjna GIODO w istocie wprowadza niemożliwą do zaakceptowania zasadę, w myśl której każdy mógłby dowolnie i samowolnie określać sposób, w jaki wstępuje lub występuje ze wspólnoty religijnej. Stanowisko takie kwestionuje u samych podstaw autonomię Kościoła katolickiego zagwarantowaną w art. 25 ust. 3 Konstytucji RP, art. 1 i 5 Konkordatu oraz art. oraz 9 Europejskiej Konwencji Praw Człowieka, która w świetle orzecznictwa Europejskiego Trybunału Praw Człowieka nakazuje organom władzy publicznej poszanowanie autonomii wspólnoty religijnej w zakresie regulowania sposobu przystępowania i występowania z niej.

Pełna analiza i ocena legalności działań GIODO w odniesieniu do danych osobowych zawartych w księgach parafialnych Kościoła Katolickiego.