Podczas spotkania Zespołów Roboczych ds. Finansów Rządowej i Kościelnej Komisji Konkordatowych ustalono, że Fundusz Kościelny ma zostać zastąpiony dobrowolnym odpisem z podatku, tzw. asygnatą, w wysokości 0,5 proc. Pieniądze od podatników otrzyma fiskus, który przekaże je następnie Kościołowi. Dobrowolny odpis podatkowy obowiązywałby od 1 stycznia 2014 r., czyli obejmowałby już zeznanie podatkowe za rok 2013. Jednocześnie obowiązywać będzie trzyletni okres przejściowy między obecnym funkcjonowaniem Funduszu Kościelnego a wprowadzeniem dobrowolnego odpisu podatkowego. W tym okresie państwo będzie dopłacało Kościołom różnicę między tym, co zadeklarowali podatnicy, a kwotą ok. 90–100 mln zł, przekazywaną obecnie z budżetu na Fundusz Kościelny. Kościoły zaczęłyby płacić składki samodzielnie od 1 stycznia 2017 r. Możliwość uzyskania przez Kościół środków z odpisu podatkowego nie jest żadnym aktem łaski ze strony państwa, gdyż Fundusz Kościelny był przecież formą rekompensaty za majątek zrabowany Kościołowi w czasach PRL, czyli tzw. dobra martwej ręki.