W lewej ręce dzierży napisaną przez siebie księgę „Summa theologiae”, otwartą na słowach z Listu św. Pawła do Koryntian: „Sapientiam sapientium perdam” (Wytracę mądrość mędrców). Tomasz położył nogę na leżącej postaci symbolizującej pogańskiego mędrca. Pokonany poganin trzyma wstęgę z napisem z Księgi Mądrości: Sapientia vincit malitiam (Mądrość zwycięża zło). Po obu stronach uczonego świętego widzimy postacie kobiece symbolizujące cztery dziedziny wiedzy: Gramatykę, Dialektykę, Filozofię i Teologię.

Poniżej leżą na ziemi księgi heretyków. Ich najsławniejsi autorzy stoją z lewej i z prawej strony. Mężczyzna z lewej strony z wielką brodą to Ariusz. Towarzyszą mu między innymi Apolinary i Awerroes. Na czele grupy z prawej znajduje się Sabeliusz (w czerwonej szacie).

Nad św. Tomaszem dwa putta trzymają medalion z otwartą księgą napisaną przez świętego: „Summa contra gentiles”, w której zwalczał poglądy heretyków, a dwa inne putta prezentują napisy będące cytatami z tej księgi.

Kościół Santa Maria sopra Minerva w Rzymie powstał na gruzach pogańskiej świątyni poświęconej Minerwie – bogini mądrości. Alegoria zwycięstwa teologii nad mądrością pogańską i herezjami ma w tym miejscu dodatkowe znaczenie.

W tle po lewej stronie artysta umieścił bazylikę św. Jana na Lateranie, ze stojącym wówczas przed nią starożytnym pomnikiem cesarza Marka Aureliusza (obecnie ten pomnik stoi na Kapitolu). To aluzja do zupełnie innej sprawy, niezwiązanej z tematem dzieła. W tym miejscu przez bramę Porta San Giovanni wracał do Rzymu w styczniu 1473 r. ze swoich zwycięskich walk z Turkami kard. Oliviero Carafa, dowódca papieskiej floty. Oliviero Carafa był fundatorem kaplicy, w której mieści się fresk.