NIK badała organizację wyjazdów i zapewnienie bezpieczeństwa osobom zajmującym kierownicze stanowiska w państwie, które korzystały z wojskowego lotnictwa transportowego w latach 2005–2010. Skupiła się na locie do Smoleńska 10 kwietnia 2010 r., który zakończył się katastrofą. Z opublikowanego 9 marca raportu wynika, że urzędnicy ministerstw i innych instytucji państwowych odpowiedzialnych za organizację tego lotu ponoszą współodpowiedzialność za katastrofę, choć nieprawidłowości występowały w czasie całego badanego okresu.

Nieprawidłowości 10 kwietnia

Najważniejszy wniosek, jaki formułuje NIK na temat lotu, który doprowadził do katastrofy, to jednoznaczne stwierdzenie, że „lot ten nie powinien się w ogóle odbyć, ponieważ na lotnisku Smoleńsk Północny, zgodnie z instrukcją HEAD, samoloty o tym statusie nie miały prawa lądować”.

W szczegółach zaniedbania wyglądały następująco. Kancelaria Prezydenta wysłała do Kancelarii Premiera zapotrzebowanie na wojskowy transport lotniczy w wymaganym przez przepisy (określa je tzw. Porozumienie z 2004 r.) terminie, choć nie zawierało ono wszystkich danych. Szef Kancelarii Premiera, min. Tomasz Arabski, nie podjął jednak żadnych działań, aby je uzupełnić, co więcej, nie sporządził zamówienia na realizację lotu. Ograniczył się do przekazania dowództwu sił powietrznych oraz BOR niekompletnego zawiadomienia Kancelarii Prezydenta.