Rozbite zostały struktury kościelne, znikły bezcenne zabytki sztuki sakralnej, a przede wszystkim specyficzna duchowość, kształtowana w kontakcie z innymi wyznaniami oraz religiami.
Jak olbrzymia to strata, świadczy fakt, że metropolia wileńska była największą pod względem obszarowym strukturą kościelną II Rzeczypospolitej. Tworzyły ją: archidiecezja wileńska, diecezja pińska oraz łomżyńska, która jako jedyna została w granicach PRL. 


Struktury zastępcze


Ze skrawków archidiecezji wileńskiej – 53 parafie z 371 – powstała administracja apostolska w Białymstoku, stanowiąca symboliczną kontynuację wileńskiej tradycji kościelnej w warunkach PRL. Na jej czele stanął w 1945 r. abp Romuald Jałbrzykowski, metropolita wileński. Gdy w 1939 r. Wilno znalazło się na krótko w litewskich rękach, abp Jałbrzykowski został przez władze Litwy odsunięty z funkcji metropolity. Zastąpił go jako administrator apostolski abp Mieczysław Reinys, co doprowadziło do poważnego kryzysu w relacjach polsko-litewskich na tym terenie. W czasie I sowieckiej okupacji Wilna abp Jałbrzykowski musiał ukrywać się, a gdy Wilno zajęli Niemcy, został aresztowany i lata 1942–1944 spędził w więzieniu. W styczniu 1945 r. zatrzymało go NKWD. Postawiono mu ultimatum: albo wyjedzie do Polski, albo resztę życia spędzi w łagrze. Zdecydował się opuścić Wilno i osiadł w Białymstoku, pozostając zwierzchnikiem zachodniej części archidiecezji, która pozostała w granicach nowej Polski. Duchowieństwo i wierni tej metropolii przeżywali brutalne prześladowania w czasie okupacji zarówno niemieckiej (zginęło 105 księży), jak i sowieckiej, kiedy przystąpiono do masowej ateizacji całego społeczeństwa. Jednak na tle innych republik związkowych sytuacja w sowieckiej Litwie i tak wyróżniała się na korzyść. Na miejscu pozostali bowiem duchowni litewscy i polscy oraz litewscy biskupi. Trudniejsza była sytuacja w diecezji pińskiej, obejmującej Polesie. Po 17 września 1939 r. stała się ona częścią sowieckiej Białorusi. Diecezję opuścili jej ordynariusz bp Kazimierz Bukraba oraz sufragan bp Karol Niemira. Władzę przejął wikariusz generalny ks. prałat Witold Iwicki, który w 1943 r. został rozstrzelany przez Niemców. Jego następcą był ks. prałat Henryk Umanicki, rezydujący w Bielsku Podlaskim, dokąd w 1945 r. przeniosło się centrum zarządzania diecezją, przeniesione później do Drohiczyna nad Bugiem. Tam od 1950 r. znajdowało się centrum administracji apostolskiej, obejmujące 35 parafii, które z diecezji pińskiej znalazły się w Polsce Ludowej. 


Zagłada metropolii lwowskiej


Jeszcze bardziej dramatyczne były dzieje metropolii lwowskiej, która w latach okupacji doświadczyła trzech kataklizmów: okupacji niemieckiej, sowieckiej oraz zagłady polskiej ludności z rąk ukraińskich nacjonalistów, co często miało także charakter uderzenia w Kościół katolicki. Metropolię tworzyły archidiecezja lwowska, diecezja łucka oraz diecezja przemyska, która pozostała w granicach PRL. Symbolicznym sukcesorem tradycji lwowskiej po 1945 r. na ziemiach polskich była administracja apostolska w Lubaczowie, utworzona na skrawku archidiecezji lwowskiej, obejmująca 27 parafii spośród 416. Metropolita lwowski abp Eugeniusz Baziak musiał w kwietniu 1946 r. opuścić Lwów. Przed wyjazdem mianował wikariusza generalnego, z pełnomocnictwami obejmującymi całą archidiecezję lwowską, ks. Jana Cieńskiego ze Złoczowa, ale w praktyce nie podjął on żadnej aktywności w obawie przed represjami. Udało się natomiast ocalić kadrę seminarium duchownego, która została przeniesiona do Kalwarii Zebrzydowskiej i znalazła się pod opieką ojców bernardynów. Najbardziej doświadczoną częścią tej metropolii była diecezja łucka, która zajmowała obszar Wołynia. Na jej czele stał bp Adolf Szelążek. Po 17 września 1939 r. teren diecezji wcielono do sowieckiej Ukrainy i już na początku 1940 r. przeżyła deportacje w głąb Związku Sowieckiego. Terror nie ustał także, gdy Wołyń znalazł się pod okupacją niemiecką, a los diecezji dopełnił się latem 1943 r., gdy jednostki OUN-UPA rozpoczęły zagładę miejscowych Polaków, topiąc we krwi kolejną wieś i parafię. Represje nie ustały, gdy na Wołyń wrócili okupanci sowieccy. Na początku stycznia 1945 r. NKWD aresztowało sędziwego bp. Szelążka i kilku księży z jego diecezji. Umieszczono ich w więzieniu w Kijowie i oskarżono o szpiegostwo na rzecz Watykanu. Po licznych interwencjach Stolicy Apostolskiej biskup został zwolniony i deportowany do Polski. Normalne życie religijne na tym obszarze zamarło do początku lat 90., kiedy dzięki staraniom Jana Pawła II zdołano odbudować nowe struktury duszpasterskie na Ukrainie.