Jego życie zapisało niezwykły rozdział w historii Kościoła w ubiegłym stuleciu. Josef Beran pochodził z Pilzna, gdzie urodził się w 1888 r. Po święceniach i studiach w Rzymie w 1932 r. został rektorem seminarium metropolitalnego. Prowadził także zajęcia na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Karola. Był znanym katechetą.

Gdy w marcu 1939 r. wojska niemieckie zajęły Pragę, która stała się stolicą Protektoratu Czech i Moraw, poprzez znajomych z okresu międzywojennego nawiązał kontakt z ruchem oporu. To zadecydowało, że w czerwcu 1942 r. został aresztowany. Gestapo zabrało go prawie od ołtarza, gdy rano odprawiał Mszę św. w seminaryjnym kościele w praskiej dzielnicy Dejvice. Spędził ponad miesiąc w celi praskiego aresztu gestapo na Pankrácu, skąd wysłano go do obozu koncentracyjnego – najpierw do Teresina, później Dachau. W obozie włączył się w pracę duszpasterską. Pomagał także innym więźniom, m.in. czeskim komunistom, których tam spotkał. Po wyzwoleniu obozu wrócił do Pragi, a w listopadzie 1946 r. papież Pius XII mianował ks. Berana metropolitą praskim.

Nowy Prymas Czech miał umiarkowane poglądy polityczne. Wśród jego znajomych byli także komuniści, wspierała go praska inteligencja oraz prezydent Edvard Beneš. Sytuacja zmieniła się, kiedy po puczu w lutym 1948 r. komuniści przejęli władzę w Czechosłowacji.